结论：营运车辆在交通事故中承担次要责任时，仍可追究对方赔偿误工费（即停运损失），但需根据责任比例分担最终赔偿金额。以下是具体分析：

一、法律依据与责任划分

1. 停运损失的合法性
   根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条第三项，依法从事经营性活动的车辆因事故导致的合理停运损失，属于法定赔偿范围。无论您承担主责还是次责，只要对方存在过错（如超速、违规变道等），均可要求其按责任比例赔偿停运损失。

2. 责任比例的影响
   若您承担次要责任（如30%），对方承担主要责任（如70%），则对方仅需赔偿您停运损失的70%，剩余30%由您自行承担。例如：

   • 停运损失总额：车辆维修10天，日均收入1000元，总损失为10,000元。
     
   • 对方赔偿金额：10,000元 × 70% = 7,000元。
     
   • 您自行承担：10,000元 × 30% = 3,000元。

二、索赔关键证据与流程

1. 证据清单

   • 营运资质证明：道路运输经营许可证、营运证等，证明车辆合法经营。
     
   • 停运时间证明：维修厂出具的维修记录、交警扣车证明等，明确车辆无法运营的天数。
     
   • 收入证明：银行流水、运营合同、纳税记录或同行业平均收入标准，证明日均收入水平。
     
   • 事故责任认定书：明确双方责任比例（如您30%、对方70%）。

2. 索赔流程

   • 协商：直接与对方或其保险公司沟通，提交证据并要求按责任比例赔偿。
     
   • 调解：若协商无果，可申请交警部门或人民调解委员会介入调解。
     
   • 诉讼：调解失败后，向法院起诉，提交证据并要求判决对方赔偿停运损失。

三、实务中的注意事项

1. 停运时间的合理性
   若维修时间过长（如超出合理范围），对方可能抗辩停运时间不合理。此时需提供维修厂出具的维修进度说明，或通过司法鉴定确定合理停运天数。

2. 收入证明的充分性
   若无法提供完整收入证明（如新营运车辆无历史流水），可参考同行业平均收入标准。例如：

   • 当地货运车辆日均收入为800元，您可主张按此标准计算停运损失。

3. 对方拒赔的应对
   若对方以“您承担次责”为由拒绝赔偿，需明确告知其：次责仅影响赔偿比例，不剥夺索赔权利。若对方仍拒赔，可直接起诉并申请法院强制执行。

四、总结与建议

1. 次责不影响索赔权：只要对方存在过错，您均有权要求其赔偿停运损失，仅需按责任比例分担。
   
2. 证据是核心：务必保留完整的营运资质、停运时间及收入证明，避免因证据不足导致索赔失败。
   
3. 及时行动：停运损失索赔有时效限制（通常为3年），建议尽快处理以避免超期。

如有进一步疑问或需协助准备证据材料，可直接向我咨询。