闯红灯两个（即两次闯红灯）扣了12分后，你需要按照以下步骤处理：
确认并接受处罚：
- 首先，通过交通管理部门的官方网站、手机APP（如“交管12123”）或到当地车管所查询并确认两次闯红灯违章的具体信息，包括违章时间、地点及照片等，确保信息准确无误。
- 在收到处罚通知后的规定时间内（一般为15天），前往指定的交通管理部门或通过网络平台接受处罚，领取违章处罚决定书，并按要求缴纳罚款。逾期未缴纳可能会产生滞纳金。
驾驶证被扣留与禁止驾驶：
- 根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，当一个记分周期内累积记分达到12分时，公安机关交通管理部门将扣留你的机动车驾驶证。
- 在此期间，你不得持该驾驶证继续驾驶机动车上路，否则将被视为无证驾驶，面临更严重的法律处罚，如罚款、拘留等。
参加学习与考试：
- 你需要在扣分达到或超过12分之日起的十五日内，到机动车驾驶证核发地或违法行为地的公安机关交通管理部门报名参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识学习。学习内容涵盖交通安全基础知识、交通信号及含义等。
- 学习结束后，车辆管理所将在二十日内组织道路交通安全法律、法规和相关知识考试（即科目一）。考试合格者，记分将被清除，并发还驾驶证；不合格者需重新参加学习和考试，直至合格为止。
特殊情况处理：
- 多次达到12分或累积记分超24分：若你在一个记分周期内两次以上达到12分或累积记分达到24分以上，除科目一考试外，还需在考试合格后十日内参加道路驾驶技能考试（即科目三），并按照驾驶证载明的最高准驾车型进行考试。
- A、B类驾照降级：若你持有大型客车、牵引车、城市公交车、中型客车、大型货车等高级别驾驶证（即A、B类驾照），并在一个记分周期内记满12分，则需办理降级换证业务，将驾驶证降级为低一级别的驾驶证。你需要在三十日内办理降级换证业务，逾期未办理的，车辆管理所将公告注销其最高准驾车型驾驶资格。
恢复驾驶资格与后续注意：
- 完成规定的学习、考试（包括可能的降级换证）且成绩合格后，公安机关交通管理部门将清除记分并返还驾驶证。此时，你即恢复了驾驶资格，可正常驾驶机动车上路。
- 为避免此类情况再次发生，建议你在日常行车过程中严格遵守交通规则，提高驾驶安全意识，确保自身和他人的行车安全。闯红灯是严重的交通违法行为，不仅危及自己和他人的生命安全，还会面临相应的处罚。
法律依据：
- 《机动车驾驶证申领和使用规定》第七十一条：公安机关交通管理部门对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，除依法给予行政处罚外，实行道路交通安全违法行为累积记分制度。记分周期为12个月，满分为12分。机动车驾驶人在一个记分周期内记分达到12分的，应当按规定参加学习、考试。
- 《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第二十四条：机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除；记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。机动车驾驶人在一个记分周期内记分2次以上达到12分的，除按照第二十三条的规定扣留机动车驾驶证、参加学习、接受考试外，还应当接受驾驶技能考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。接受驾驶技能考试的，按照本人机动车驾驶证载明的最高准驾车型考试。
- 《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第二十八条：机动车驾驶人在机动车驾驶证丢失、损毁、超过有效期或者被依法扣留、暂扣期间以及记分达到12分的，不得驾驶机动车。
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