结论：万分五（即0.05%）的违约金是否合法，不能一概而论，而是需要根据具体合同类型、实际损失情况、法律法规的强制性规定以及合同双方的自愿性等多种因素综合判断。
一、合法性分析的基础
根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当支付的违约金数额或计算方法。这意味着，万分五的违约金比例如果是由合同双方自愿约定的，且没有违反法律法规的强制性规定，该约定在程序上通常是有效的。然而，其合法性还需进一步考量以下因素：
合同双方的自愿性：
- 合同双方在平等、自愿的基础上约定了违约金为万分五，且该约定不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益，则该约定合法有效。
实际损失情况：
- 违约金的设定主要是为了补偿守约方因违约而遭受的实际损失。因此，判断违约金是否合法，需考虑其与实际损失的关系。
- 如果万分五的违约金能够合理反映守约方的实际损失，则该约定通常会被认定为合法有效。
- 若违约金过分高于实际损失（如超过造成损失的百分之三十），则可能被认定为“过分高于造成的损失”，违约方可请求法院或仲裁机构适当减少。
法律法规的强制性规定：
- 在某些特殊领域，如金融借款合同中，违约金与利息、复利等总计不能超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。若万分五的违约金与其他费用合计超过此标准，超出部分可能不会得到法院的支持。
二、不同合同类型下的合法性考量
一般民事合同：
- 在一般的民事合同关系中，万分五的违约金比例（换算成年利率约为18.25%，具体需根据违约期限计算）通常被认为是相对较高的，但并不必然导致违法。只要该约定是双方真实意思表示，且不存在欺诈、胁迫等导致合同可撤销的情形，同时违约金数额未过分高于实际损失，该约定即合法有效。
金融借款合同等特殊领域：
- 在金融借款合同纠纷中，需特别注意违约金与其他费用（如利息、复利）的总和不得超过合同成立时一年期LPR的四倍。例如，若合同成立时一年期LPR为3.7%，则四倍为14.8%，此时万分五的违约金比例（即年利率18.25%，具体需根据违约期限计算）超出部分可能不会得到法院的全部支持。
三、实际操作建议
明确合同条款：
- 在签订合同时，务必明确约定违约金的数额、计算方式及适用条件，以减少后续纠纷的可能性。
合理预估损失：
- 在设定违约金前，双方应充分评估可能因违约造成的损失，确保约定的违约金数额既不过高也不过低。若违约金可能过高，可考虑设置调整机制，如约定“若违约金超过实际损失的30%，则违约方有权请求减少”。
依法解决争议：
- 一旦发生违约争议，双方应首先尝试通过友好协商解决。若协商无果，应及时寻求法律途径，向人民法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以确保自身权益得到妥善保护。
四、示例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，约定若乙方逾期交货，需按日支付合同总金额万分五的违约金。后乙方逾期交货，甲方要求支付违约金。此时，法院在判断违约金是否合法时，会综合考虑以下因素：
- 合同总金额及逾期交货的天数，计算实际应支付的违约金数额。
- 甲方因乙方逾期交货而遭受的实际损失，如因延迟使用货物而产生的额外费用或损失的机会成本等。
- 若违约金数额远超过实际损失，且乙方提出调整请求，法院可能会根据实际情况适当减少违约金数额。
综上所述，万分五的违约金是否合法需根据具体合同及相关法律规定来确定。在签订合同时，双方应充分考虑实际损失情况、合同类型及法律法规的要求，合理约定违约金比例或数额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。