不按指定路线行驶的处罚会因多种因素而有所不同，包括驾驶车辆的类型、违规地点以及违规的严重程度等。以下是对这一问题的详细解答：
一、机动车未按照指定路线行驶的处罚
普通道路：
- 如果机动车驾驶人在普通道路上不按照道路标志、标线指示的路线行驶，例如在单行线上逆行，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，将面临警告或者二十元以上二百元以下的罚款。
高速公路或城市快速路：
- 在高速公路或城市快速路上，如果不按规定车道行驶，如快车道低速行驶、应急车道违法占用等，同样可能面临上述罚款处罚。此外，部分行为还可能依据其他规定进行扣分处理，例如在高速公路上不按规定车道行驶可能会扣3分。
特殊管制情况：
- 在交通管制期间，不按照指定路线行驶，将依据相关法条进行处罚，并可能因阻碍执行公务面临更严重的后果，如拘留或更高额的罚款。
二、公共交通工具未按照指定路线行驶的处罚
城市公共汽（电）车：
- 如果城市公共汽（电）车不按照核定的线路、站点、班次和时间营运，将面临1万元以上3万元以下的罚款。
出租汽车：
- 出租汽车不按规定线路、时间行驶或乱收费，也将受到相应罚款、停业整顿等处罚。
校车：
- 校车未按规定路线和时间接送学生，由公安机关交通管理部门责令改正，并可处200元罚款。
三、其他相关违法行为的处罚
不按导向车道行驶：
- 在有交通信号灯控制且划有导向车道的路口，如果不按导向车道行驶，可能受到警告或罚款20元以上200元以下，是否扣分视地区而定。
违规进入专用车道：
- 如违规进入公交车专用道、特定车辆专用道、非机动车道等，将被罚款100至200元，并可能扣3分。
四、未缴纳交通违章罚款的后果
滞纳金：
- 如果未在规定时间内交纳罚款，每日将收取罚款金额的3%作为滞纳金。
影响业务办理：
- 长时间未处理违章，将会影响到车检、买卖车辆等业务的办理。
扣分与扣证：
- 违章超过一定数量未处理的，交警核查到后，可能会扣证，情节严重的还会扣车。并且，到一定时间可能会一次性扣除12分。
保险理赔问题：
- 违章未处理的，发生事故、车损等，将可能得不到车辆保险公司的理赔。
总结与建议
不按指定路线行驶不仅可能面临法律处罚，还可能对自身和他人的安全造成威胁。因此，我强烈建议所有驾驶人在行驶过程中严格遵守交通规则，确保行车安全。如果收到处罚决定书，应及时缴纳罚款，避免产生不必要的滞纳金和其他严重后果。如有异议，可按照法定程序进行申诉，以维护自己的合法权益。