农业设施用地建厂房是否算违建，这主要取决于建设行为是否符合相关法律法规和规划要求。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情形
符合设施农业用地规定：
- 根据《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，若建厂房作为农业生产必要的配套设施（如农产品加工、仓储保鲜等直接服务于农业生产的设施），并依法办理了设施农业用地备案等手续，且未超出规定的用地规模和建设标准，则不属于违建。
办理农用地转建设用地审批：
- 依据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条及相关规定，若农业设施用地已依法转为建设用地，并完成了相关审批手续，则在该土地上建造的厂房合法，不构成违建。这通常涉及较为复杂的审批流程，包括项目批准、核准或备案，以及农用地转用方案的拟订和报批等。
符合乡村规划：
- 在某些情况下，即使是在农业设施用地上建厂房，如果建设行为符合当地乡村规划，并获得了相关部门的许可（如乡镇政府的审核批准），且未改变土地性质和用途，也不构成违建。
二、违法情形
擅自改变土地用途：
- 若在农业设施用地上建设的厂房并非用于农业生产配套设施，而是改为非农业用途（如工业生产、商业经营等），则属于擅自改变土地用途，构成违建。
未办理相关审批手续：
- 即使建厂房旨在服务农业生产，但若未按规定办理设施农业用地备案、农用地转建设用地审批或其他必要审批手续，也可能被认定为违建。
超出规定面积和标准：
- 即使办理了相关手续，若建设的厂房超出了规定的用地规模和建设标准，超出部分仍可能被认定为违建。例如，进行工厂化作物栽培的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模的5%以内，最多不超过10亩；进行规模化种植的，附属设施用地规模原则上控制在项目用地规模的3%以内，最多不超过20亩等。
违反土地使用规划：
- 将农业设施用地上的厂房用于与农业生产无关的目的，或建造非农业设施（如屠宰和肉类加工场所等），均违反了土地使用规划，视为违建。
三、法律建议
了解政策：
- 在使用农业设施用地建厂房前，务必咨询当地自然资源和规划部门或农业农村部门，了解具体的政策和要求，确保建设行为合法合规。
办理审批手续：
- 若计划将农业设施用地转为建设用地并建厂房，应依法办理农用地转建设用地审批手续，并确保建设项目符合当地土地利用总体规划和城乡规划要求。
遵守规定：
- 在建设过程中，应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保农业设施用地的合理使用和开发。避免擅自改变土地用途、超出规定面积和标准或违反土地使用规划等行为。
综上所述，农业设施用地建厂房是否算违建，关键在于是否依法办理了相关审批手续，以及厂房的实际用途是否符合农业生产需要和土地使用规划。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。