关于餐馆使用甲醇燃料是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和当地的相关法规来进行综合判断。
首先，我们需要明确的是，甲醇燃料，特别是醇基液体燃料（其主要成分为甲醇），是易燃易爆的，使用不当极易引发燃烧爆炸事故，因此其安全风险不容忽视。这也正是为什么多地政府，如上海市和晋中市，都出台了相关通知和通告，对餐饮行业使用新型燃料，包括甲醇燃料，进行严格的管理和规范。
从上海市安全生产委员会办公室的通知中，我们可以了解到，上海市对餐饮行业使用新型燃料开展了专项整治工作，其中就包括了对醇基液体燃料（甲醇为主要成分）的严格管控。通知中明确提到，要取缔一批非法使用新型燃料的餐饮单位，规范一批合法使用的单位，并严厉打击非法违法生产、经营、运输醇基液体燃料等行为。
同时，晋中市市场监督管理局的通告也进一步强调了醇基燃料的安全管理。通告中明确指出，餐饮服务提供者应优先采购使用乙醇作为火锅等菜品加热燃料；确需使用甲醇、丙醇等醇基燃料的，必须添加醒目颜色进行警示，严禁无色透明存放，并且需要从具备合法资质的供应商采购，留存产品合格证明及相关凭证，建立采购使用台账。此外，醇基燃料还需储存于独立通风区域，远离食品加工区、火源及食品、调味品，使用专用密封容器并张贴警示标识。
综合以上信息，我们可以得出以下结论：
合法性取决于具体使用情况：餐馆使用甲醇燃料并非绝对非法，但必须严格遵守当地的相关法规和安全标准，确保燃料的使用、储存和运输都符合规定。
安全风险不容忽视：由于甲醇燃料的易燃易爆性，餐馆在使用时必须采取严格的安全措施，如添加醒目颜色警示、储存于独立通风区域、使用专用密封容器等。
供应商资质和产品合格证明：餐馆必须从具备合法资质的供应商采购甲醇燃料，并留存产品合格证明及相关凭证，以建立采购使用台账。
政府监管和处罚：政府相关部门会加大对餐馆使用甲醇燃料的监管力度，对违反规定的行为将依法从严查处。
因此，如果您是餐馆经营者，想要使用甲醇燃料，我建议您首先详细了解并遵守当地的相关法规和安全标准，确保燃料的使用合法且安全。同时，您也需要与具备合法资质的供应商合作，并留存好相关凭证和台账，以备政府相关部门的检查。