针对您提出的“依申请公开的文件该怎么处理”这一问题，以下是根据相关法律法规及实际操作流程给出的详细解答：

首先，当公民、法人或其他组织向行政机关提出政府信息公开申请时，他们可以通过多种方式来进行，包括在行政机关的政府信息公开受理场所填写《政府信息公开申请表》，或者通过信函、网上申请等形式向行政机关申请获取政府信息（具体方式应以最新信息公开指南为准）。

接下来，行政机关在收到政府信息公开申请后，会进行一系列的处理流程：

1. 形式审查：行政机关首先会对申请的形式要件是否完备进行审查。如果申请要件不完备，行政机关会及时告知申请人予以补充，以确保申请的完整性和有效性。

2. 申请调整建议：如果申请人同时提出了多项信息申请，为了提高处理效率，行政机关会建议申请人按照“一事一申请”的原则进行调整，即每次申请只针对一个具体事项。

3. 即时登记与回执：对于申请资料完整且提供了有效身份证明的申请，行政机关会即时进行登记，并向申请人出具回执，以确认申请的接收。

4. 初步审核与转交：政府信息公开工作机构在收到申请后，会进行初步审核，并根据申请内容与相关业务部门进行确认，然后将申请转交给相应的业务部门进行处理。

5. 拟办理意见：相关业务部门会根据实际情况，认真、及时、有效地对申请作出拟办理意见。对于内容比较敏感、答复难度较大、社会效应预期复杂的申请事项，承办部门还可以与区政府办公室进行会商，以确保答复的准确性和恰当性。

6. 拟定答复书：政府信息公开工作机构会根据相关法律规定、业务部门拟办理意见以及会商结果等实际情况，拟定相应的答复书，并报办公室进行审批。

7. 制定与送达答复书：经审批后，政府信息公开工作机构会制定相应的答复书，并经过本机构校对审定后，加盖本机关公章或政府信息公开专用章。然后，根据申请人的要求，采用申请人自取、信函邮寄等形式将答复书送达申请人。

8. 归档保存：申请处理完成后，行政机关会将申请表、答复书、相关流转文件以及所提供的政府信息等材料整理后，按规定进行保存。对于网上申请，归档时还需要打印成纸质文件进行归档。

综上所述，依申请公开的文件处理流程是一个严谨而细致的过程，旨在确保政府信息的公开透明和申请人的合法权益。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的了解，请随时咨询。