结论：上班迟到30分钟扣100元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断，主要包括用人单位规章制度是否合法、迟到扣款是否合理以及是否超过法定限额等角度。以下为详细分析：

一、用人单位规章制度是否合法

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。”

分析：

• 若用人单位的规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并已向劳动者公示或告知，则该规章制度具有法律效力。
• 若规章制度未经过民主程序制定，或未向劳动者公示或告知，则该规章制度对劳动者不产生约束力，用人单位据此扣款可能构成违法。

二、迟到扣款是否合理

分析：

• 即使规章制度合法，迟到扣款也需合理。合理性主要体现在扣款金额与迟到行为的严重性、对用人单位造成的损失程度相当。
• 迟到30分钟扣100元，是否合理需结合具体情况判断。如用人单位能证明因劳动者迟到导致其遭受了100元以上的直接经济损失，且该损失与迟到行为有直接因果关系，则扣款可能合理。但通常情况下，迟到30分钟难以直接造成如此大的经济损失，因此扣款金额可能偏高。

三、迟到扣款是否超过法定限额

根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

分析：

• 迟到扣款属于因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿范畴，但需遵守上述法定限额。
• 若劳动者当月工资为X元，则用人单位每月最多可扣除X*20%作为迟到扣款。若扣款100元后，劳动者剩余工资低于当地月最低工资标准，则用人单位需按最低工资标准支付剩余工资。
• 举例：假设劳动者当月工资为3000元，当地月最低工资标准为2000元。则用人单位每月最多可扣除3000*20%=600元作为迟到扣款。但若扣款100元后，劳动者剩余工资为2900元，仍高于最低工资标准，则扣款100元在限额内。然而，若劳动者当月工资仅为1000元，则扣款100元后剩余工资为900元，低于最低工资标准，此时用人单位需按最低工资标准支付剩余工资，即实际扣款不得超过1000-2000（假设最低工资为2000，此处为说明问题，实际应为1000与最低工资的差额部分不得扣除）=0元（实际操作中应为不扣除或仅扣除至最低工资标准），显然扣款100元不合法。

建议：

• 若您认为用人单位的迟到扣款行为不合法，可先与用人单位协商解决。
• 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

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