违法建筑的认定程序及认定机关可以归纳如下：
一、认定机关
规划类违法建筑：
- 城市规划区内：主要由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门（如住房和城乡建设局、规划局）负责认定。
- 乡、村庄规划区内：由乡、镇人民政府负责认定。
土地类违法建筑：
- 由县级以上人民政府土地行政主管部门（如自然资源局）进行认定。
二、认定程序
立案调查：
- 执法部门（如城乡规划主管部门、土地行政主管部门）在发现违法建筑线索后，会启动立案调查程序。
现场勘查：
- 执法人员会前往现场进行勘查，确认建筑物的位置、结构、用途等，并检查是否符合城乡规划或土地利用规划。
证据收集：
- 执法人员会调取相关证据材料，如卫星影像、审批文件、询问笔录等，以支持违法建筑的认定。
听证告知：
- 在作出认定决定前，执法部门会告知当事人有权进行陈述申辩，并可以组织听证会，听取当事人的意见和证据。
作出决定：
- 根据调查结果和法律法规，执法部门会作出违法建筑认定书，明确违法事实、法律依据及处理意见。
三、认定依据
建设手续：
- 是否取得建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证等法定手续。未取得或未按许可内容建设的，视为违法建筑。
占用土地性质：
- 建筑物是否占用了禁止建设的土地，如农用地、公共场所、公共设施用地等，且未经合法审批程序。
违反城乡规划：
- 建筑物的位置、高度、面积、用途等是否符合城乡规划要求，与已批准的规划方案相冲突即为违法。
擅自改变使用性质：
- 未经批准擅自改变建筑物的使用性质，也构成违法建筑。
四、法律后果
行政处罚：
- 对于违法建筑，执法部门可以责令限期拆除、罚款（通常按工程造价的5%-10%进行处罚）。
强制执行：
- 如果当事人在规定期限内未履行拆除义务，执法部门可以依法申请人民法院强制执行或按法定程序自行强制执行。
产权限制：
- 违法建筑无法办理不动产登记，影响交易、继承等权益。
五、注意事项
及时咨询：
- 如果您发现自己的建筑物可能涉及违法建筑问题，建议及时向规划部门或土地行政主管部门咨询，了解具体情况。
保留证据：
- 在涉及违法建筑纠纷时，务必保存好相关审批文件、沟通记录等证据材料，以备不时之需。
合法维权：
- 如果您对违法建筑的认定结果不服，可以通过行政复议或行政诉讼等法律途径进行维权。
示例说明：
假设某市民在未取得建设工程规划许可证的情况下，在自家宅基地上擅自建造了一栋房屋。城乡规划主管部门在巡查中发现该房屋涉嫌违法建筑，于是启动了立案调查程序。经过现场勘查和证据收集，执法部门确认该房屋确实未取得规划许可，且违反了城乡规划要求。在告知市民有权进行陈述申辩并组织听证会后，执法部门作出了违法建筑认定书，并责令市民限期拆除该房屋。如果市民未在规定期限内履行拆除义务，执法部门将依法申请人民法院强制执行。
希望以上内容能对您有所帮助。如果您有任何关于违法建筑认定程序及认定机关的法律问题，请随时向我咨询。