结论前置：在仅签署合作协议而未签劳动合同的情况下，法律关系的认定主要取决于协议内容及双方实际权利义务关系。若双方实际构成事实劳动关系，用人单位可能面临未签劳动合同的法律责任。以下从不同角度为您详细分析：

一、合作协议与劳动合同的法律区别

1. 合作协议：

   • 性质：平等主体间为共同目标达成的契约，如项目合作、技术共享等。
   • 内容：侧重利益分配与责任划分，不涉及具体工作岗位、考勤管理、薪酬结构等劳动要素。
   • 关系：双方保持独立经营地位，如自负盈亏、自主决策。

2. 劳动合同：

   • 性质：劳动者与用人单位确立劳动关系的协议。
   • 内容：明确工作内容、薪酬、社保等法定权益，劳动者需接受用人单位的管理。
   • 关系：存在管理与被管理的人身隶属关系。

二、未签劳动合同的法律后果

1. 若认定为合作关系：

   • 双方按合作协议约定履行义务，如一方违约，另一方可依据协议追究违约责任。
   • 无需遵守最低工资、加班费、社保缴纳等劳动法强制性规定。

2. 若认定为劳动关系（即使未签书面劳动合同）：

   • 事实劳动关系：若具备劳动关系的实质要件（如劳动者受用人单位管理、提供劳动是用人单位业务的组成部分、用人单位支付劳动报酬等），则视为存在事实劳动关系。
   • 法律责任：用人单位可能因未签劳动合同而承担法律责任，包括向劳动者支付二倍工资（自用工之日起超过一个月不满一年）或视为已订立无固定期限劳动合同（自用工之日起满一年）。

三、对劳动者和用人单位的建议

1. 劳动者角度：

   • 证据收集：应收集能证明劳动关系存在的证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录、工作邮件、同事证言等。
   • 权益维护：如认为与单位构成劳动关系且权益受损，可与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 用人单位角度：

   • 协议设计：若双方实为合作关系，应确保合作协议条款清晰，避免模糊表述导致被误认为劳动关系。例如，明确合作目标与分工，避免使用“员工”“工资”等易混淆表述。
   • 合同补签：若实际属于劳动关系，应及时与劳动者补签劳动合同，以避免法律风险和经济赔偿责任。
   • 证据留存：保存沟通记录、付款凭证等材料，证明双方独立主体地位，以备不时之需。

四、实际案例参考

• 案例一：某公司与自由设计师签订“合作协议”，仅约定项目成果交付及费用支付，未涉及日常管理。法院认定双方不构成劳动关系，按合作协议处理纠纷。
• 案例二：某公司招聘员工后，仅签订“合作协议”但实际按劳动关系管理（如考勤、工作安排等）。法院认定双方存在事实劳动关系，公司需支付未签劳动合同的二倍工资。

总结

合作协议与劳动合同在法律上具有不同含义和后果。为确保双方权益，建议明确合作性质并及时签订相应合同。若遇到疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。