违章建筑的认定主体及处理办法如下：

一、违章建筑的认定主体

1. 城乡规划主管部门

   • 适用范围：主要负责城市、镇规划区内建筑物、构筑物等工程建设的违章建筑认定。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，对于未取得或违反建设工程规划许可证的建设行为，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门有权进行认定，并责令停止建设、限期改正、罚款、拆除或没收实物及违法收入。
   • 实例说明：如某市市区内开发商未经规划许可擅自超建楼层，城乡规划主管部门即有权对此进行违章建筑认定。

2. 乡、镇人民政府

   • 适用范围：负责乡、村庄规划区内未依法取得或违反乡村建设规划许可证的建设行为的违章建筑认定。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，乡、镇人民政府对违反乡村建设规划的建设行为有权责令停止建设、限期改正，逾期不改正的可拆除。
   • 实例说明：若某村庄村民未经许可在村集体土地上新建房屋，乡、镇人民政府则有权对该房屋进行违章建筑认定。

3. 自然资源部门

   • 适用范围：主要涉及土地使用方面的违法建设认定，如未经批准非法占用土地进行建设等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，对于非法占用土地或违反土地利用总体规划的建设行为，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令退还土地、限期拆除、恢复土地原状或没收建筑物并处罚款。
   • 实例说明：如某企业未经批准占用农用地建设厂房，自然资源部门即可认定该厂房为违章建筑。

二、违章建筑的处理办法

1. 责令停止建设

   • 城乡规划主管部门或乡、镇人民政府发现正在进行的违章建设行为时，有权责令立即停止建设，以防止违章建筑进一步扩大影响。

2. 限期改正

   • 对于可以通过整改消除影响的违章建筑，如部分超出许可范围但可通过拆除部分结构达到合规要求的，责令建设单位或个人在一定期限内进行改正。

3. 罚款

   • 根据《城乡规划法》等相关法律法规，对违章建设行为处以罚款。罚款的金额视严重程度而定，通常按建设工程造价的一定比例进行处罚，如5%至10%不等。

4. 拆除

   • 对于无法通过整改消除影响，或者严重影响城乡规划实施的违章建筑，如完全未取得规划许可擅自建造的建筑物，责令限期拆除。逾期不拆除的，由相关部门依法强制拆除。

三、法律救济途径

1. 行政复议

   • 当事人对行政机关作出的违章建筑认定和处理决定不服的，可以在法定期限内向上一级行政机关申请行政复议，请求复议机关对原决定进行审查并作出裁决。

2. 行政诉讼

   • 当事人也可以直接向人民法院提起行政诉讼，请求法院对行政机关的决定进行审查。法院将依法审理案件，并作出公正判决。

综合建议：

• 在不同地区，具体负责违章建筑认定的部门可能有所差异，建议结合当地实际情况咨询相关部门以获取准确信息。
• 建设者在进行任何建设活动前，应充分了解并遵守相关法律法规，确保取得必要的许可和批准，以避免被认定为违章建筑而面临法律后果。
• 若您遇到违章建筑认定或处理方面的法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。