结论：年休假期间绩效工资是否扣除，需根据具体情况判断，一般情况下不应扣除，但若劳动合同或公司规章制度有特别约定且不违反法律规定，则可能合法扣除。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与原则
根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这里的“工资收入”通常理解为包括基本工资、岗位工资、绩效工资等固定组成部分。因此，从法律原则出发，年休假期间绩效工资不应被扣除，因为这是职工应得的劳动报酬的一部分。
二、劳动合同与公司规章制度的影响
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了年休假期间绩效工资的发放方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照劳动合同的约定执行。
- 若劳动合同未明确约定，则应参照公司规章制度或行业惯例。
公司规章制度：
- 公司规章制度中可能对年休假期间的工资发放有具体规定。如果这些规定不违反法律法规，且已经过民主程序制定并公示，那么对职工具有约束力。
- 但需注意，公司规章制度不能随意剥夺职工的合法权益，如无故扣除绩效工资。如果规章制度中的相关规定与法律法规相抵触，则该规定无效。
三、绩效工资的性质与扣除的合法性
绩效工资的性质：
- 绩效工资通常与职工的工作表现、业绩等挂钩，是职工劳动报酬的一部分。
- 在年休假期间，职工虽然未实际工作，但根据法律规定，应享受与正常工作期间相同的工资收入，这包括绩效工资。
扣除的合法性：
- 一般情况下不合法：除非劳动合同或公司规章制度中有特别约定，且该约定不违反法律法规，否则公司不得随意扣除职工年休假期间的绩效工资。
- 特殊情况：如果职工在年休假前存在严重违反公司规章制度或劳动合同约定的行为，且公司规章制度中明确规定了此类情况下可以扣除绩效工资，那么公司可能有权扣除。但这种情况较为特殊，且需严格符合法律法规和公司规章制度的规定。
四、建议与行动指南
查阅劳动合同与公司规章制度：
- 职工应首先查阅自己的劳动合同和公司规章制度，了解年休假期间绩效工资的发放规定。
与公司协商：
- 如果发现公司存在无故扣除绩效工资的情况，职工可以与公司进行协商，要求公司按照法律规定和劳动合同约定发放绩效工资。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例：假设某职工的劳动合同中明确约定了年休假期间绩效工资全额发放，但公司却以“年休假期间未工作”为由扣除了该职工的绩效工资。在这种情况下，职工可以依据劳动合同和法律规定，要求公司补发被扣除的绩效工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
最后提醒：每个具体案件的情况都有所不同，如果遇到年休假绩效工资被扣除的问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律建议。