关于16岁打架是否会留案底的问题，结论前置如下：
- 若打架行为未构成犯罪或虽违法但未受刑罚，通常不会留下案底。
- 若打架行为构成刑事犯罪并被判处刑罚，则会留下案底，但法律对未成年人犯罪记录有特殊封存规定。
详细分析如下：
一、不会留案底的情况
治安管理处罚：
- 如果16岁的青少年打架情节较轻，依法被给予治安管理处罚，但并未受到行政拘留等较为严厉的处罚，或者虽然受到处罚但符合《治安管理处罚法》中不予执行的特殊情形（如初次违反且情节轻微），则不会留下案底。因为治安管理处罚并不等同于犯罪记录。
- 在实际操作中，警方对于情节轻微的打架行为，往往会以批评教育为主，不会轻易下达《公安行政处罚决定书》，因此也不会留下案底。
未涉及刑事犯罪：
- 如果打架行为虽然违法，但并未达到刑事犯罪的程度，或者虽然构成犯罪但因年龄、情节等因素未被追究刑事责任，那么也不会留下刑事案底。
二、会留案底的情况
治安管理处罚记录（特殊情况）：
- 如果打架情节较重，受到了行政拘留等治安管理处罚，公安机关内部会有相关违法记录存档。虽然这种记录与刑事犯罪案底有所不同，但在某些特殊情况下（如报考军警类岗位、申请特定职业资格等）可能会有一定影响。不过，对于未成年人，这种记录通常会被严格封存，非因法定事由不得向任何单位和个人提供。
刑事犯罪：
- 如果16岁的青少年打架行为构成犯罪，如故意伤害致人重伤或死亡、抢劫等严重犯罪，并被依法判处刑罚，那么就会留下刑事犯罪案底。但根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，如果犯罪时未满十八周岁，且被判处五年有期徒刑以下刑罚，其犯罪记录会被封存，不对外提供。这意味着，虽然案底存在，但对外界是保密的，不会对未成年人的未来生活产生过大的负面影响。
三、案底的影响与保护措施
- 影响：尽管未成年人的案底有封存制度，但在某些特定情况下（如再次犯罪、报考特定职业等），案底仍可能被查询并产生影响。因此，未成年人应尽量避免涉及违法犯罪行为。
- 保护措施：
- 法律对未成年人的犯罪记录进行了特殊的封存处理，以保护其隐私和未来发展机会。
- 家长和学校应加强对未成年人的教育和监管，引导他们树立正确的价值观和法律意识，预防犯罪行为的发生。
- 一旦未成年人出现犯罪行为，家长和学校应积极配合司法机关的工作，帮助未成年人认识错误并接受改造。
总结与建议：
16岁的青少年打架是否会留案底，取决于打架行为的性质、处理结果以及是否涉及刑事犯罪。为了避免留下案底，未成年人应遵守法律法规和社会公德，避免参与打架等不良行为。如果发生打架事件，应及时寻求家长、老师或警方的帮助，妥善处理问题，防止事态扩大和恶化。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。