在工资由两个公司发放的情况下，劳动关系的认定需综合考虑多个因素，以下是对此问题的详细分析：
劳动合同的签订情况
- 如果劳动者与其中一家公司签订了劳动合同，那么该合同通常是确立劳动关系的重要法律依据。即便工资由另一家公司发放，也通常认定劳动者与签订劳动合同的单位存在劳动关系。
- 若未签订劳动合同，则需结合其他因素，如用工管理、工作安排等，来综合判断劳动关系。
用工管理和工作安排
- 劳动者实际接受哪家公司的管理和监督，包括工作任务分配、工作时间安排、绩效考核等，是判断劳动关系的关键。
- 劳动者的工作内容是否属于某家公司的业务组成部分，也是重要的考量因素。例如，如果劳动者从事的工作是某家公司的核心业务，那么更可能认定与该公司存在劳动关系。
劳动报酬的性质和支付
- 劳动报酬的性质，如是否与工作业绩、工作时间挂钩，以及是否包含基本工资、奖金、津贴等常规组成部分，有助于判断劳动关系。
- 工资支付的稳定性和规律性也是重要指标。通常，用人单位会按固定周期支付工资，如果工资由某家公司定期支付，且金额与劳动者的工作表现相关，那么更可能认定与该公司存在劳动关系。
其他相关证据
- 社保缴纳情况是判断劳动关系的重要参考。一般情况下，为劳动者缴纳社保的单位与劳动者存在劳动关系。
- 工作证件、考勤记录、招聘登记表、其他劳动者的证言等也是判断劳动关系的关键证据。例如，如果劳动者持有某家公司的工牌，且考勤记录显示其在该公司工作，那么更可能认定与该公司存在劳动关系。
在特殊情况下，如关联企业之间的混同用工，劳动关系的认定可能更为复杂：
- 在实践中，劳动者可能同时与两家公司存在事实上的劳动关系，但法律上通常只能作为劳务关系处理，或者认定其中一家公司为用人单位，另一家公司承担连带责任。
- 对于关联企业之间的混同用工行为，法院可能会根据实际情况，如用工管理、工作安排、工资支付等，来认定两家公司是否共同承担用人单位的责任。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 首先，收集并整理所有与劳动关系相关的证据，包括劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录、工作证件、考勤记录等。
- 其次，分析这些证据，确定哪家公司更符合用人单位的特征，如签订劳动合同、进行用工管理、支付工资等。
- 最后，如果无法确定劳动关系，或者存在争议，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。
在认定劳动关系时，应全面考虑各种因素，确保劳动者的合法权益得到有效保护。如果您在劳动关系认定方面遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。