刑事案件的撤销流程是一个相对复杂且严谨的过程，它涉及到多个法律主体和程序步骤。以下我将根据相关法律法规和司法实践，为您详细阐述刑事案件撤销的流程：

一、撤销的主体与情形

根据《人民检察院刑事诉讼规则》等相关规定，不论是作出不起诉决定的检察院还是其上级检察院，通过其他途径发现不起诉决定确有错误的，均可以依职权撤销原不起诉决定。这里的“不起诉决定确有错误”主要指的是对于是否有犯罪行为、犯罪情节轻重、是否应当追究刑事责任的原有判断与后来经复查后对案件的新判断不一致。具体情形可能包括：

1. 原判断所依据的事实与证据发生较大变化：例如，出现了新的物证、人证，改变了对原案事实的基本认定。

2. 原判决所依据的事实与证据基本没有变化，但在不起诉决定作出后，发现确有错误应当撤销：这种情况下，撤销原不起诉决定后，是否重新启动审查起诉程序需根据具体情况判断。如果是本院发现原不起诉决定确有错误的，应当在作出撤销决定的同时形成新的起诉决定；如果是上级院发现原不起诉决定确有错误予以撤销的，应当交由下级院提起公诉。

3. 认罪认罚案件中被不起诉人反悔：根据《人民检察院刑事诉讼规则》的相关规定，犯罪嫌疑人认罪认罚后反悔的，人民检察院应当进行审查，并区分情形依法作出处理。

二、公安机关撤销案件的流程

对于公安机关而言，如果认为案件符合撤销条件，需要按照以下流程操作：

1. 制作《呈请撤销案件报告书》：由办案人员根据案件情况制作，详细阐述撤销案件的理由和依据。

2. 报县级以上公安机关负责人批准：该报告书需要经过县级以上公安机关负责人的审批，确保撤销决定的合法性和正当性。

3. 解除相关措施：除按照法律和有关规定另行处理的外，应当解除查封、扣押、冻结等强制措施。

4. 通知相关人员：在三日内告知原犯罪嫌疑人、被害人或者其近亲属、法定代理人以及案件移送机关等，确保他们的知情权。

三、检察院撤销不起诉决定的流程

对于检察院而言，如果发现不起诉决定确有错误，需要按照以下流程操作：

1. 内部审查：由有管辖权的检察院对案件进行复查，确认不起诉决定是否存在错误。

2. 作出撤销决定：如果确认不起诉决定确有错误，检察院应当作出撤销原不起诉决定的决定。

3. 形成新的起诉决定或交由下级院提起公诉：根据具体情况，如果是本院发现错误的，应当在作出撤销决定的同时形成新的起诉决定；如果是上级院发现错误的，应当交由下级院提起公诉。

四、注意事项

1. 程序合法性：在整个撤销流程中，必须严格遵守法律法规和司法解释的规定，确保程序的合法性和正当性。

2. 证据充分性：撤销决定必须基于充分的事实和证据，不能仅凭主观臆断或猜测。

3. 权利保障：在撤销过程中，要充分保障犯罪嫌疑人、被害人等当事人的合法权益，确保他们的知情权、参与权等得到充分行使。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。