结论前置：公司以现金方式发放工资，在符合相关法律法规的前提下是合法的。但这一行为需严格遵守一系列规定，以确保操作的合法性和规范性。
合法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“货币形式”并未排除现金支付，因此现金支付工资在法律上是被允许的。
- 《工资支付暂行规定》也明确指出，工资应当以法定货币支付，现金作为法定货币的一种形式，自然也是合法的支付方式。
合法条件：
- 按时足额支付：公司需按照劳动合同的约定，按时、足额地以现金形式向劳动者支付工资。
- 提供支付凭证：公司应提供相应的工资支付凭证，如工资条、签收记录等，以证明工资支付的事实和金额。这有助于保障劳动者的权益，也便于公司在发生纠纷时提供证据。
- 不违反财务规定：现金支付工资不得用于逃避税务、社保等法定义务。公司应确保工资支付的透明性，避免通过现金支付来隐瞒收入或逃避税收。
- 不低于最低标准：支付给职工的薪资不应低于当地最低工资保障线，这是保障劳动者基本生活需求的重要措施。
- 透明性记录：公司必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。这有助于确保工资支付情况的清晰记录，便于查询和核对。
不合法的情形：
- 违反财务法规：若公司通过现金发放部分工资来逃避税务或社保义务，则属于违法行为，可能面临税务、审计等部门的处罚。
- 无法提供支付记录：若公司无法提供工资支付的凭证或记录，劳动者的工资权益可能难以保障，这种情况也可能被认定为不合法。
- 无故拖欠或克扣：公司不能无故拖欠薪资或是克扣员工的工资，否则将被视作违法并受到劳动行政部门的处罚。
法律后果与建议
- 法律责任：若公司未能在规定期限内支付应发工资，劳动行政部门将督促其纠正。逾期仍未整改的，公司将面临高达应付金额的50%到100%的赔偿责任。此外，若公司存在逃避税务、社保等法定义务的行为，还将面临相应的税务、社保等部门的处罚。
- 建议：
- 合规操作：公司在选择以现金方式发放工资时，应确保支付过程透明、记录完整、凭证齐全。这有助于降低潜在的法律风险，也便于公司在发生纠纷时提供证据。
- 风险管理：为降低潜在的法律风险，公司应建立完善的财务管理制度和内部控制机制，加强对工资支付过程的监督和管理。例如，可以设立专门的工资支付账户，确保工资支付的独立性和透明性。
- 员工沟通：建议公司与员工进行充分沟通，明确工资支付方式、时间、金额等关键信息。这有助于增强员工对公司的信任感，减少潜在的纠纷和误解。
- 推荐银行转账：虽然现金支付工资是合法的，但从便于管理、减少纠纷的角度出发，推荐公司采用银行转账等电子支付方式发放工资。这样不仅可以提高支付效率，还能更好地保护双方的合法权益。例如，银行转账可以留下清晰的交易记录，便于查询和核对；同时，也可以避免现金支付中可能出现的丢失、被盗等风险。
综上所述，公司以现金方式发放工资在符合相关法律法规的前提下是合法的，但公司必须确保操作的准确性、及时性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。