违法信号灯通行，即不按交通信号灯指示行驶，一般情况下会被扣6分，并处以200元的罚款。以下是对这一问题的详细分析：
一、违法信号灯通行的基本处罚
根据《中华人民共和国道路交通安全法》以及《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的行为，属于明确的违法行为。这种行为不仅威胁道路交通安全，也扰乱了正常的交通秩序。因此，法律对此类行为设定了明确的处罚标准，即一次扣6分，并处以200元的罚款。
二、特殊情况下的处罚调整
尽管违法信号灯通行一般会被扣分和罚款，但在某些特殊情况下，处罚可能会有所调整或撤销。这些特殊情况包括但不限于：
被大型车辆遮挡视线：若前方有大型车辆（如公交车）遮挡，导致后车驾驶人无法清晰观察信号灯而误闯红灯，这种情况可以向交警部门申诉，并提供相关证据。经核实后，处罚有可能会被撤销。
因紧急避险：在为了避让执行紧急任务的警车、消防车、救护车等特种车辆，或者为了送突发疾病的人员去医院等紧急情况下而闯红灯，只要提供相关证据并经过核实，也有可能免予处罚。这体现了法律对人性化和紧急情况的考量。
交通信号故障：当信号灯出现故障，如两个方向同时亮绿灯或红灯等异常情况时，如果因此闯红灯，并且能够提供证据证明信号灯确实存在故障，那么一般不会被认定为违法。
交警指挥与信号灯不一致：在有交警现场指挥交通的路口，驾驶人应优先遵循交警的指挥。如果交警的指挥与信号灯指示不一致，导致驾驶人闯红灯，这种情况下也不会受到处罚。
三、注意事项与建议
严格遵守交通规则：驾驶人应深刻认识到违反交通信号灯通行的严重性，这种违法行为极易引发交通事故，威胁自己和他人的生命财产安全。只有严格遵守交通规则，才能确保道路交通的安全和顺畅。
了解特殊情况下的申诉流程：如果对违法信号灯通行的处罚有异议，或者认为自己属于上述特殊情况之一，建议及时向当地交警部门提出申诉，并提供充分的证据来支持自己的主张。申诉时应保持冷静和理性，尊重执法人员的判断，并通过合法途径维护自己的权益。
关注地区差异：需要注意的是，各地对于交通违法行为的认定和处理可能会存在一定差异。因此，在实际操作中，建议咨询当地交通管理部门或直接向我咨询以获取最准确的信息。
综上所述，违法信号灯通行一般会被扣6分并处以200元的罚款，但在特殊情况下处罚可能会有所调整或撤销。驾驶人应严格遵守交通规则，确保行车安全；同时，在遇到特殊情况时也应了解相关法律法规，以便合理维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。