双倍工资差额的计算基数应为劳动者的应得工资，而非单纯指实发工资或基本工资。以下是对此问题的详细分析：
一、双倍工资差额的性质与目的
双倍工资差额并非劳动者的劳动所得，而是对用人单位违反法律规定未与劳动者签订书面劳动合同的一种惩戒。其目的在于提高书面劳动合同的签订率，明晰劳动关系中的权利义务，以便在双方发生劳动争议时，书面劳动合同可以作为重要的证据使用。
二、双倍工资差额的计算基数
应得工资的定义：
- 应得工资是指劳动者在正常工作时间内应获得的全部收入，包括计时工资或计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
计算基数的确定：
- 在计算双倍工资差额时，应以劳动者当月应得工资为基数。这意味着，应考虑劳动者在正常工作时间内应获得的全部收入，而不仅仅是基本工资或实发工资。
- 不应包括的项目：加班工资以及特殊情况下支付的工资（如病假工资、停工留薪期工资等）不应计入双倍工资差额的计算基数。这是因为加班工资是劳动者在正常工作时间之外提供额外劳动所获得的报酬，而特殊情况下支付的工资则具有特定的支付条件和目的。
实发工资与应得工资的区别：
- 实发工资是劳动者实际到手的工资，它可能包括基本工资、奖金、津贴、补贴等各项收入，并扣除了个人所得税、社保费用等应扣除的项目。
- 在计算双倍工资差额时，虽然实发工资反映了劳动者实际到手的收入，但需要考虑的是应得工资的全额，即未扣除各项费用前的工资总额。
三、实际案例说明
假设某员工月工资为6000元，其中包括基本工资4000元、岗位津贴1000元和绩效奖金1000元。若该员工因用人单位未依法签订劳动合同而主张双倍工资差额，其计算基数应为该员工的应得工资6000元，而非仅考虑基本工资或其他部分。
四、法律建议
对于劳动者：
- 在主张双倍工资差额时，应明确计算基数为应得工资，并收集相关证据（如工资条、银行流水等）以证明自己的应得工资数额。
- 若与用人单位就双倍工资差额的计算基数发生争议，可向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼。
对于用人单位：
- 应严格遵守相关法律法规，及时与劳动者签订书面劳动合同，避免因此产生双倍工资的法律责任。
- 在计算双倍工资差额时，应按照法律规定以劳动者的应得工资为基数进行计算，并确保计算的准确性和合法性。
综上所述，双倍工资差额的计算基数应为劳动者的应得工资。在处理相关争议时，劳动者和用人单位应明确计算基数的确定规则，并收集相关证据以支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。