员工在工厂突发疾病的赔偿问题，需根据具体情况来分析，以下是不同情况下的赔偿处理方式：
若疾病属于工伤范畴
- 认定条件：根据《工伤保险条例》，在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，或者工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的，以及在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的等情况，应认定为工伤。若员工突发疾病是因工作原因导致，比如长期从事高强度工作引发身体疾病突发，有可能被认定为工伤。另外，在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，视同工伤。
- 赔偿项目：一旦被认定为工伤，员工可以享受工伤保险待遇，包括医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、交通食宿费、安装配置伤残辅助器具所需费用、生活护理费、一次性伤残补助金、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金（达到一定伤残等级且解除劳动关系时）、停工留薪期工资、丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金（视同工伤且死亡的情况下）等。这些费用由工伤保险基金和用人单位按照规定分别承担。例如，医疗费用一般由工伤保险基金支付；停工留薪期工资由用人单位按照员工原工资福利待遇按月支付。
若疾病不属于工伤范畴
- 医疗费用承担：如果员工突发疾病不属于工伤，那么医疗费用一般由员工自己承担。不过，如果用人单位有为员工购买商业医疗保险等其他保险，员工可以根据保险合同的约定向保险公司申请理赔。
- 病假工资：员工因患病需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的80%支付员工病假工资。例如，当地最低工资标准为2000元，那么员工病假工资每月至少应得到1600元。
- 其他情况：如果员工突发疾病是因为用人单位的工作环境、工作条件等因素导致员工身体状况恶化而突发疾病，虽然不构成工伤，但用人单位可能存在一定的过错。在这种情况下，员工可以要求用人单位承担一定的赔偿责任，不过需要员工提供充分的证据证明用人单位的过错与疾病突发之间存在因果关系。赔偿范围可能包括部分医疗费用、因疾病导致的误工损失等。
如果员工在工厂突发疾病，建议先及时送医治疗，同时尽快确定是否属于工伤。如果对赔偿问题存在争议，可以收集相关证据，如劳动合同、工资记录、医疗诊断证明等，以便后续维护自己的合法权益。要是还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。