结论前置：夜班工作12小时，在未经特殊工时制度批准的情况下，是违反《中华人民共和国劳动法》的。不过，具体是否违法还需根据工作性质、审批程序及补偿措施等因素综合判断。以下从多个角度为您详细分析：

一、一般情形下的法律规定

1. 法定工作时间：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
   • 《国务院关于职工工作时间的规定》第三条也明确，职工每日工作8小时，每周工作40小时。
   • 若用人单位安排劳动者每天工作十二个小时，且未经过合法的审批程序和相应的调休、补偿措施，则违反了上述法律规定。

2. 加班限制：

   • 《劳动法》第四十一条规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 安排12小时夜班，显然超出了这一加班时长限制，属于违法行为。

二、特殊情形下的合法性分析

1. 综合计算工时工作制：

   • 部分企业因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需连续作业。经劳动行政部门批准，可实行综合计算工时工作制。
   • 在此制度下，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。例如，某企业经批准以年为周期，只要全年工作时间总和不超过法定标准（约2000小时），旺季安排每天工作12小时就不违法。但需注意，超出部分需按规定支付加班费。

2. 不定时工作制：

   • 对于高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准时间衡量的职工，经劳动行政部门审批，可实行不定时工作制。
   • 不定时工作制下，工作时间不受每日8小时、每周40小时的限制，因此安排12小时工作制也不违法。但同样需确保劳动者的休息权和健康权。

三、加班费的支付规定

• 无论是否属于特殊工时制度，只要用人单位安排劳动者延长工作时间，就应按照《劳动法》第四十四条的规定支付加班费：
  • 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
  • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
  • 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

四、劳动者的权益保护

• 如果工作安排超出了法定标准，劳动者应与雇主沟通，寻求合理解决方案。
• 必要时，劳动者可向当地劳动保障部门投诉，或申请劳动仲裁、提起诉讼，以维护自己的合法权益。

五、实际案例与建议

• 案例：某工厂因生产需要，未经劳动行政部门批准，擅自安排工人每天工作12小时，且未支付加班费。工人向劳动保障部门投诉后，工厂被责令限期改正，并支付了相应的加班费和罚款。
• 建议：作为劳动者，应了解自己的权益和法律规定，遇到违法加班情况时，及时与雇主沟通或寻求法律帮助。作为用人单位，应严格遵守法律规定，合理安排工作时间和支付加班费，以维护劳动者的合法权益和企业的良好形象。

综上所述，夜班工作12小时在未经特殊工时制度批准的情况下是违法的。但具体是否违法还需根据工作性质、审批程序及补偿措施等因素综合判断。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。