实发工资低于最低工资标准是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律规定层面
   根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。最低工资标准是政府依法规定的，劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位应支付的最低劳动报酬。这一规定具有强制性，用人单位必须遵守。

2. 工资构成层面
   最低工资标准是应发工资的概念，即扣除个人缴纳的社会保险、住房公积金等费用之前的工资总额。如果用人单位以实发工资（扣除各项费用后）低于最低工资标准为由进行辩解，这是不成立的。例如，某地最低工资标准为2000元，劳动者应发工资为2100元，扣除个人缴纳的社保和公积金300元后，实发工资为1800元，但应发工资2100元高于最低工资标准，这种情况是合法的；但如果应发工资就只有1800元，那就明显违反了最低工资标准的规定。

3. 特殊情况层面

   • 非全日制用工：非全日制用工小时计酬标准不得低于用人单位所在地人民政府规定的最低小时工资标准，且劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。如果非全日制用工的工资低于最低小时工资标准，同样是不合法的。
   • 试用期工资：劳动者在试用期的工资不得低于本单位相同岗位最低档工资或者劳动合同约定工资的百分之八十，并不得低于用人单位所在地的最低工资标准。如果试用期工资低于最低工资标准，用人单位也涉嫌违法。

4. 法律后果层面
   如果用人单位支付给劳动者的工资低于最低工资标准，劳动行政部门会责令其限期支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。劳动者也可以通过劳动仲裁等法律途径维护自己的合法权益，要求用人单位补足差额部分，并可能获得相应的赔偿。

如果你遇到了实发工资低于最低工资标准的情况，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和解决方案。