辞退员工时，经济补偿的计算基数通常是员工离职前十二个月的平均工资，这里的平均工资是指应发工资，而非到手工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
二、应发工资与到手工资的区别
应发工资：即劳动者当月应获得的全部工资收入，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是未扣除社保、公积金、个人所得税等费用前的工资总额。
到手工资：即劳动者实际收到的工资，是应发工资扣除社保、公积金、个人所得税等费用后的净额。
三、经济补偿计算基数的确定
在计算经济补偿时，应以应发工资为基数，而非到手工资。这是因为应发工资更能反映劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的真实收入水平，从而更合理地确定经济补偿的数额。
四、特殊情况下的处理
如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条第二款的规定，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
如果劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准的：按照当地最低工资标准计算经济补偿。
五、实际操作建议
用人单位在辞退员工时：应准确计算员工离职前十二个月的平均工资，并以此为基数支付经济补偿。同时，应保留好相关工资记录，以备查验。
劳动者在收到经济补偿时：如果对计算基数有疑问，可以要求用人单位提供详细的工资记录，并核对计算过程。如果发现用人单位计算错误或故意少算经济补偿，可以依法维护自己的合法权益。
总结来说，辞退员工时经济补偿的计算基数是应发工资而非到手工资。用人单位和劳动者都应了解并遵守相关法律规定，确保经济补偿的合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。