侵占集体土地的行为，主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责管理和监督。以下是针对这一问题的详细分析：

1. 自然资源主管部门的职责：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，国务院自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作，县级以上地方人民政府自然资源主管部门则负责本行政区域内的土地管理和监督。
   • 当发现侵占集体土地的行为时，自然资源主管部门有权进行调查，并根据土地利用总体规划的情况，采取限期拆除、没收建筑物、罚款等措施，责令退还非法占用的土地。

2. 其他相关部门的职责：

   • 农业农村主管部门：虽然农业农村主管部门主要负责农村土地承包经营及承包经营合同的管理，但在某些涉及农村土地承包经营权被侵占的情况下，也可能需要农业农村主管部门的介入和协助。不过，就侵占集体土地这一行为本身而言，农业农村主管部门并非主要管理部门。
   • 乡（镇）人民政府：乡（镇）人民政府对乡、村庄规划区内的建设活动有监管职责。如果侵占集体土地的行为发生在乡、村庄规划区内，且涉及违反乡村建设规划进行建设的情况，乡（镇）人民政府也有权进行制止和纠正。但同样，这并非其主要职责，且通常是在自然资源主管部门主导下进行的。
   • 公安机关：如果侵占集体土地的行为涉嫌犯罪，如盗窃罪、侵占罪或非法占用农用地罪等，那么公安机关将依法进行调查和处理。

3. 举报与维权途径：

   • 当发现侵占集体土地的行为时，受害者或知情者可以向县级以上人民政府自然资源主管部门举报，并提供相关证据，如土地承包经营权证、土地使用权证或其他能证明合法权益的文件。
   • 如果举报后问题未得到及时解决，或者对处理结果不满意，还可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向人民法院提起民事诉讼或行政诉讼。

4. 法律后果与处理措施：

   • 对于未经批准或采取欺骗手段骗取批准非法占用土地的行为，自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地，并根据具体情况采取限期拆除、没收建筑物、罚款等措施。
   • 如果非法占用土地的行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

建议：在面对侵占集体土地的问题时，受害者或知情者应首先明确举报途径和适用情形，同时了解相关的法律后果与处理措施。这有助于更有效地维护土地管理的法治秩序，保护集体土地的合法权益不受侵害。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。