怀孕两三个月是可以做亲子鉴定的，但通常建议选择无创胎儿亲子鉴定，且需在专业机构进行，以确保结果的准确性和安全性。以下是从不同角度的详细分析：

一、亲子鉴定技术的可行性

1. 无创胎儿亲子鉴定：

   • 技术原理：无创胎儿亲子鉴定是通过采集孕妇外周血（通常只需10毫升左右），利用新一代DNA测序技术对母体外周血浆中的游离DNA片段（包含胎儿游离DNA）进行测序、生物信息分析，从中得到胎儿的遗传信息，并与假定父亲的DNA信息进行比对，以确认亲子关系。
   • 适用时间：无创胎儿亲子鉴定在孕妇怀孕5周以上至宝宝出生前均可进行，因此怀孕两三个月时完全可以做。
   • 安全性：该技术无需手术，对孕妇和胎儿均无风险，且采样过程简便快捷。

2. 其他亲子鉴定方式：

   • 羊水穿刺亲子鉴定：通常在怀孕16-24周进行，通过抽取羊水样本进行DNA分析。但这种方式存在一定风险，如感染、流产等，且不适用于怀孕两三个月的孕妇。
   • 绒毛穿刺亲子鉴定：一般在怀孕10-14周进行，通过采集绒毛样本进行DNA分析。同样，这种方式也存在一定风险，且不适用于怀孕两三个月的早期阶段。

二、法律与伦理考量

1. 法律要求：

   • 在进行亲子鉴定时，应确保所有参与者的知情同意，特别是孕妇和假定父亲的同意。
   • 亲子鉴定结果具有法律效力，可用于法律诉讼、继承、抚养权等法律事务。因此，选择正规、有资质的亲子鉴定机构至关重要。

2. 伦理问题：

   • 亲子鉴定可能涉及家庭隐私和伦理问题，因此在进行鉴定前应充分考虑其可能带来的后果。
   • 孕妇在怀孕期间可能面临较大的心理压力，进行亲子鉴定前应给予充分的心理支持和咨询。

三、实际操作建议

1. 选择正规机构：

   • 确保选择的亲子鉴定机构具有相关资质和认证，如司法鉴定许可证等。
   • 了解机构的鉴定流程、技术水平和客户评价，选择信誉良好的机构进行鉴定。

2. 准备相关材料：

   • 孕妇需提供有效的身份证明和怀孕证明（如B超单等）。
   • 假定父亲也需提供有效的身份证明，并同意进行亲子鉴定。

3. 遵循鉴定流程：

   • 按照机构的要求进行采样和送检，确保样本的真实性和完整性。
   • 等待鉴定结果期间，保持与机构的沟通，及时了解鉴定进度和结果。

总结来说，怀孕两三个月时可以选择无创胎儿亲子鉴定来确认亲子关系，但应确保选择正规、有资质的机构进行鉴定，并遵循相关法律和伦理要求。如果你有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。