交通事故中的第三方鉴定费用，一般由申请鉴定方先行垫付，待责任确定后再由责任方或保险公司按约定承担。以下是对这一问题的详细分析：
保险公司承担的情况：
- 根据《保险法》第六十四条，为查明和确定保险事故的性质、原因和损失程度所支付的必要的、合理的费用，如鉴定费，原则上应由保险人（即保险公司）承担。但具体是否由保险公司承担，还需依据保险合同的具体条款。若合同中有特别约定，如将鉴定费列为间接损失不予赔偿，则从其约定。
- 在交通事故中，若机动车购买了交强险，鉴定费作为确定损失程度的必要、合理费用，可在交强险财产损失赔偿限额内由保险公司承担。若购买了商业三者险，且保险合同对鉴定费有明确约定赔付，则按约定执行。
侵权人承担的情况：
- 依据《中华人民共和国民法典》第一千一百七十九条，虽然法条未明确列举鉴定费，但鉴定费作为确定赔偿数额的必要合理费用，通常会被认定由侵权人承担。在交通事故中，侵权人因其侵权行为导致受害人损失，包括为确定损失程度而支出的鉴定费用，因此应承担相应的鉴定费用。
双方按照责任比例分担的情况：
- 若交通事故双方均有责任，鉴定费用通常会按照交警部门认定的责任比例进行分担。例如，若双方负同等责任，则鉴定费用可能由双方各承担一半。
特殊情况的考虑：
- 重新鉴定费用：若对鉴定结果有异议并申请重新鉴定，费用承担规则为：改变原结论则由原提出鉴定方承担，未改变则由申请重新鉴定方承担。
- 公安机关交通管理部门承担：根据《中华人民共和国道路交通事故处理程序规定》，检验、鉴定费用原则上由公安机关交通管理部门承担，但当事人自行委托的除外。不过，这一规定更多适用于行政处理阶段，若进入诉讼程序，则需遵循法院判决。
建议与注意事项：
- 在处理交通事故时，建议当事人明确鉴定费的承担问题，并尽可能通过协商或法律途径确保自身权益得到保障。
- 若对鉴定费用承担有争议，可咨询专业律师（即我，纪道生律师，专注于刑事辩护、婚姻家庭领域，但交通事故相关法律问题我也能提供专业解答），以获取更准确的法律意见和帮助。
- 具体的鉴定费用承担方式可能会因地区差异、案件具体情况及保险公司的不同政策而有所变化，因此需结合实际情况进行判断。
综上所述，交通事故中的第三方鉴定费用承担问题需综合考虑多种因素，包括事故责任划分、保险合同约定及法律规定等。在处理此类问题时，应遵循相关法律法规，并结合实际情况做出合理判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。