结论前置：公司在有案件的情况下，一般不可以直接注销。必须等待案件审结并履行完相关义务，或经过合法清算程序并确保债务得到妥善处理后，方可依法进行注销。
详细分析如下：
案件正在审理中
- 如果公司涉及的案件仍在审理过程中，其权利义务关系尚未最终确定。在此期间，公司进行注销可能会干扰案件的审理和后续执行，损害其他当事人的合法权益。例如，在合同纠纷中，若公司注销，胜诉方可能因公司主体的消失而无法获得应有的赔偿。因此，案件正在审理中时，公司一般不可注销。
存在未履行的生效法律文书确定的义务
- 当公司有生效的法律文书（如判决书、调解书等）确定的义务尚未履行时，如拖欠员工工资、未支付货款等，公司不能注销。必须先履行这些义务，否则相关部门将不会批准其注销申请。若公司试图在未履行义务的情况下注销，相关责任人员可能需要对公司的债务承担连带责任或其他相应的法律责任。
案件已完结且履行完义务
- 当公司涉及的案件已经审理完毕，并且公司已按照生效的法律文书全面履行了所有义务时，公司可以进行注销。此时，公司的权利义务关系已经明确，注销不会损害其他当事人的合法权益。但需注意，注销前仍需按照法定程序进行清算，确保债权债务得到妥善处理。
经相关方同意或法院批准的特殊情况
- 在特定情况下，即使案件尚未完全了结，但经过债权人、法院等相关方的同意或法院的特别批准，并且公司能够证明其注销不会影响案件的审理和执行，也不会损害他人权益时，公司也可能被允许注销。这通常涉及企业经营严重困难、继续存续将造成股东重大损失等特殊情形，且需严格遵循法定程序。
公司注销的法定程序与注意事项：
- 根据《中华人民共和国公司法》等相关法律规定，公司注销需遵循严格的法定程序，包括作出解散决议、成立清算组进行清算、处理债权债务、制定财产分配方案等。
- 清算过程中，应特别注意对案件中涉及的债权债务进行全面彻底的处理，确保无遗漏。
- 只有在清算结束后，确认公司无剩余财产或剩余财产已依法分配，且债权债务已全部处理完毕的情况下，公司才能向登记机关申请办理注销登记。
违规注销的法律责任：
- 如果公司试图在有案件且未履行相关义务的情况下违规注销，相关责任人员可能需要承担法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿甚至刑事责任。
总结与建议：
公司在面临案件时，应首先积极应对并解决案件，确保自身的权利义务关系得到明确和处理。在案件审结并履行完相关义务后，再按照法定程序办理注销手续。这样既能保障公司的合法权益，也能避免可能的法律风险和纠纷。若您在公司注销或案件处理方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。