在解答“纳税人签章是法人还是公章”这一问题时，我们首先要明确“签章”的含义及其在不同场景下的应用。签章通常指的是签名或盖章，用于确认文件的真实性、合法性和有效性。在税务相关文件中，签章的具体要求可能会因文件类型和签署主体的不同而有所差异。

针对您提出的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

1. 一般原则：

   • 在大多数税务相关文件中，如果要求纳税人签章，这通常指的是纳税人需要加盖其公章。公章是法人单位的重要标识，具有法律效力，用于确认文件的正式性和权威性。

2. 特定场景下的要求：

   • 在某些特定情况下，如三方协议签约等，文件可能明确要求纳税人加盖公章，并由法定代表人（即法人）签章。这里的“法定代表人签章”指的是法人代表在文件上签字或加盖其个人名章，以表示对文件内容的认可和承担相应责任。
   • 以您提供的参考信息为例，在三方协议签约填写说明中，明确提到“一式三份协议书（由税务机关打印，其中一份由主管税务机关盖章，三份均由纳税人加盖公章并由法定代表人签章）”。这说明了在该场景下，纳税人需要同时加盖公章和由法定代表人签章。

3. 公章与法人签章的区别：

   • 公章代表法人单位的整体意志和权威，用于确认文件的正式性和合法性。
   • 法人签章则代表法人代表个人的意志和认可，用于表示对文件内容的个人承担和责任。

4. 实际操作建议：

   • 在签署税务相关文件时，纳税人应仔细阅读文件要求，明确是否需要加盖公章、由法定代表人签章或两者都需要。
   • 如果不确定文件要求，建议咨询当地税务机关或专业律师，以确保签署的文件符合法律要求并具有法律效力。

综上所述，纳税人签章在大多数情况下指的是加盖公章，但在某些特定场景下（如三方协议签约）可能还需要由法定代表人签章。因此，在签署税务相关文件时，纳税人应根据文件要求明确签章方式，并确保签署的文件符合法律要求。