辞职扣三天工资是否合法，主要取决于用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。以下是从不同角度进行的分析：

合法情况

1. 规章制度明确且程序合法：

   • 如果用人单位的规章制度明确规定了员工辞职（尤其是自离或未按规定提前通知辞职）需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等）并向员工公示（如通过内部公告、员工手册发放等方式），那么在符合法律规定的条件下（如扣除金额不超过法定标准，且不违反其他强制性法律规定），这种扣款可能是合法的。但需注意，实践中很少有规章制度能完全满足这一条件，且即便满足，扣除工资也需谨慎，避免侵犯员工合法权益。

2. 劳动者原因造成经济损失：

   • 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，且该损失与辞职行为有直接关联（如未完成交接导致工作延误、泄露商业秘密等），用人单位可按照劳动合同的约定或相关法律法规的规定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。不过，这种情况下的扣款并非直接因“辞职”而扣，而是因“造成损失”而扣。

不合法情况

1. 缺乏规章制度依据或程序不合法：

   • 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除工资行为缺乏合法性基础，属于违法行为。

2. 无故克扣工资：

   • 在劳动者正常工作、无违规违纪行为，且已按照规定完成辞职手续的情况下，用人单位无故克扣三天工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

劳动者应对措施

• 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
• 投诉举报：若协商不成，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。
• 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。

法律后果

• 用人单位风险：用人单位擅自扣除员工工资可能引发劳动纠纷，导致劳动仲裁或诉讼。一旦败诉，用人单位不仅需要补发工资，还可能面临支付赔偿金等法律责任。此外，不规范的用工管理还会损害企业的社会形象和声誉。
• 劳动者权益：劳动者有权获得应得的劳动报酬，用人单位不得无故克扣。若用人单位违法扣款，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。

总结来说，辞职扣三天工资是否合法需根据具体情况判断。劳动者应了解相关法律法规，保护自己的合法权益；用人单位也应遵守法律规定，合理行使用工管理权。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。