扣绩效在一定情况下是可以申请劳动仲裁的。以下从不同角度为你详细分析：

合法扣绩效的情况

如果用人单位扣绩效是依据合法有效的规章制度，并且这些规章制度经过了民主程序制定（比如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），同时已经向劳动者进行了公示或者告知。例如，劳动者严重违反公司规章制度，给公司造成了重大损失，公司按照规章制度扣除一定比例的绩效工资，这种情况下，扣绩效是合法的，劳动者申请劳动仲裁可能难以得到支持。因为用人单位有自主管理权，在符合法律规定和程序的前提下，可以对员工的绩效进行合理考核和奖惩。

非法扣绩效的情况

1. 未按照规章制度扣除：如果用人单位没有合法有效的规章制度作为依据，或者规章制度本身违反了法律法规的强制性规定，比如规定无论何种情况都扣除固定比例的绩效工资，且该比例过高，超出了合理范围，损害了劳动者的基本权益。此时，用人单位扣绩效的行为就是非法的，劳动者可以申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的绩效工资。
2. 未履行告知义务：即便用人单位有合法有效的规章制度，但没有向劳动者进行公示或者告知，劳动者对扣除绩效的规定并不知情。在这种情况下扣除绩效，劳动者同样可以申请劳动仲裁，主张用人单位的扣绩效行为无效。因为劳动者有权利知晓与自己切身利益相关的规章制度内容。
3. 扣除比例不合理：根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。如果用人单位扣除绩效的比例超过了这个限度，就属于非法扣除，劳动者可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

申请劳动仲裁的流程

1. 提交申请书：劳动者需要向劳动合同履行地或者用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请书，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应当载明劳动者的基本信息、用人单位的基本信息、仲裁请求和所根据的事实、理由，以及证据和证据来源、证人姓名和住所等。
2. 受理：劳动争议仲裁委员会收到仲裁申请之日起五日内，认为符合受理条件的，应当受理，并通知申请人；认为不符合受理条件的，应当书面通知申请人不予受理，并说明理由。
3. 开庭审理：仲裁庭在开庭五日前，将开庭日期、地点书面通知双方当事人。无正当理由拒不到庭或者未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉处理，对被申请人可以做缺席裁决。
4. 仲裁裁决：仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可以延期并书面通知当事人，但是延长期限不超过十五日。逾期未作出仲裁裁决的，当事人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。

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