公司考核扣绩效工资是否合法，需分情况讨论：
若公司有合法合理的绩效考核制度，且该制度经过民主程序制定并公示，同时考核过程公开透明，考核结果公正合理，那么公司根据考核结果扣减绩效工资是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 实际操作建议：公司应确保绩效考核制度合法合理，考核过程公开透明，考核结果公正合理，并保留好相关证据，如考核制度、考核过程记录、考核结果通知等，以备不时之需。
若公司没有合法合理的绩效考核制度，或者考核制度未经过民主程序制定并公示，或者考核过程不公开透明，考核结果不公正合理，那么公司根据考核结果扣减绩效工资可能是不合法的。
- 法律后果：如果公司违法扣减绩效工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司补发被扣减的工资，并可能要求公司支付经济补偿金。
- 实际操作建议：劳动者在遇到公司违法扣减绩效工资时，应首先与公司沟通协商，要求公司说明扣减工资的理由和依据。如果公司无法提供合法合理的解释和依据，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
额外提醒：
- 公司在制定绩效考核制度时，应充分考虑劳动者的实际情况和合理诉求，确保考核制度既能够激励劳动者积极工作，又不会过分苛刻或不合理。
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资和绩效考核的条款，确保自己的权益得到充分保障。
总结：公司考核扣绩效工资是否合法，关键在于公司是否有合法合理的绩效考核制度，以及该制度是否经过民主程序制定并公示，考核过程是否公开透明，考核结果是否公正合理。如果公司能够满足这些条件，那么扣减绩效工资是合法的；否则，可能是不合法的。劳动者在遇到此类问题时，应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。