车辆在车库被水淹后，保险公司是否会进行赔偿，这主要取决于您购买的保险险种、保险条款的具体内容，以及车辆被淹时的具体情况。以下是对此问题的详细解答：

一、主要赔偿险种：车损险

自2020年9月19日车险综合改革后，车损险的保障范围得到了显著扩大，现在它涵盖了包括暴雨、洪水等自然灾害导致的车辆损失。因此，只要您购买了车损险，并且保险条款中明确包含了因自然灾害导致的车辆损失，那么车辆在车库被水淹所造成的损失，保险公司通常会进行理赔。

理赔内容通常包括车辆的维修费用，如发动机、电子设备等部件的修复费用，以及施救费用、清洗费用、电器损失、内饰件损失等。但需要注意的是，如果车辆被淹后，您强行二次启动发动机导致进一步损坏，这属于人为扩大的损失，保险公司可能会拒赔。

二、附加险种：涉水险

如果您进一步购买了涉水险（现在通常已并入车损险中，但需确认具体条款），那么对于发动机因涉水行驶导致的损坏，您也能获得额外的赔付。涉水险在车损险赔付的基础上，对发动机的损失进行额外覆盖，即使车辆在水中熄火后又二次启动导致发动机损坏，只要符合涉水险条款规定，保险公司也会进行赔偿。不过，涉水险通常有一定的绝对免赔率，如15%-20%，即保险公司会扣除一定比例后进行赔付。

三、不赔偿的险种：交强险

交强险主要赔偿的是因被保险车辆发生意外事故，致使第三者遭受人身伤亡或财产损失的情况。对于车辆本身因水淹导致的损失，交强险并不直接赔偿。

四、理赔流程与注意事项

1. 及时报案：车辆被淹后，您应尽快联系保险公司报案，以便保险公司及时安排定损和理赔。

2. 提供证据：按保险公司要求提供相关证明材料，如现场照片、维修发票等，以证明车辆损失的情况和程度。

3. 定损与赔付：保险公司会安排定损员对车辆进行定损，并根据定损结果和保险条款进行赔付。

4. 注意事项：

   • 仔细阅读保险合同，了解具体的保险责任和免责条款。
   • 做好车辆的防护措施，尽量避免将车辆停放在容易积水的低洼地带或地下车库等地方。如果车辆因未做好防护措施而导致的水淹损失，保险公司可能会根据具体情况减少赔偿金额甚至拒绝赔偿。

综上所述，车辆在车库被水淹后能否获得保险公司的赔偿，主要取决于您是否购买了车损险以及保险条款的具体内容。因此，建议您在购买保险时仔细阅读保险合同，了解清楚各项保险责任的范围和免责条款，并在日常生活中做好车辆的防护工作，以减少不必要的损失。