公司员工拿回扣，若利用职务便利为他人谋取利益且数额达到法定标准，或具有其他严重情节，可能构成非国家工作人员受贿罪，此时可以刑事立案。以下是对此问题的详细分析：

一、立案标准概述

公司员工拿回扣，主要涉及的是非国家工作人员受贿罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取或非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，即构成此罪。

二、具体立案标准

1. 数额标准：

   • 一般标准：根据司法实践，“数额较大”通常指的是6万元以上。也就是说，如果员工拿回扣的数额达到或超过6万元，就可能构成非国家工作人员受贿罪，面临刑事立案。但需注意，不同地区或特定情况下，这一标准可能有所调整，司法实践中多采用3万元作为起刑点，具体数额需结合当地司法实践判断。
   • 具体刑罚：
     • 数额较大的（6万元以上，或司法实践中的3万元以上），处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。
     • 数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
     • 数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。

2. 情节标准：

   • 即使受贿数额未达到上述标准，但若受贿行为导致国家或社会利益遭受重大损失，或故意刁难、要挟有关单位、个人造成恶劣影响，也可能被立案追诉。
   • 收受回扣的次数也是判断因素之一，多次收受即使每次数额不大，累计也可能达到立案标准。
   • 为员工谋取利益的大小同样影响立案判断，若通过收受回扣谋取了重大利益，即便数额未达标，也可能因情节严重而被立案。

3. 证据充分性：

   • 立案需有足够的证据证明员工存在收受回扣的行为，且该行为已达到立案标准。这包括回扣的支付记录、员工的职务便利证明、为他人谋取利益的证据等。

三、立案时需考虑的其他因素

• 主体身份：需综合判断行为人的主体身份是否属于公司、企业或其他单位的工作人员。如果是国有公司、企业中从事公务的人员和国有公司、企业委派到非国有公司、企业从事公务的人员拿回扣，则以受贿罪论处，立案标准可能更为严格。
• 职务关联：收受财物的行为与职务便利之间是否存在直接关联。如果员工利用职务便利为他人谋取利益并收受回扣，则更可能构成犯罪。
• 自首立功：员工是否有自首、立功等情节，这些可能在一定程度上减轻或免除刑事责任。

四、公司内部处理与刑事责任追究

1. 公司内部处理：

   • 发现员工收受回扣后，公司应立即进行内部调查，收集确凿证据。
   • 依据内部规章制度对员工进行处理，如警告、公示、扣除工资、解除劳动合同等。

2. 刑事责任追究：

   • 若员工行为构成犯罪，公司应向公安机关报案，依法追究其刑事责任。
   • 根据《刑法》规定，构成非国家工作人员受贿罪的员工将面临有期徒刑、拘役、罚金等处罚。

五、总结与建议

公司员工拿回扣的立案标准是一个综合考虑多方面因素的复杂过程。对于公司及员工而言，明确法律边界、加强内部管理、及时咨询专业律师（即向我咨询）以获取准确法律意见是防范风险的关键。若发现此类问题，应迅速采取行动，既维护公司利益，也确保法律的公正实施。同时，员工应严格遵守法律法规和职业道德规范，坚决拒绝任何形式的回扣诱惑。