公司以迟到为由扣工资是否违法，不能一概而论，关键在于公司的规章制度是否合法、合规，以及扣减工资的行为是否合理。以下从不同角度为你详细分析：
一、规章制度合法且合理的情况下，扣工资可能合法
规章制度合法制定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如劳动报酬、工作时间等）时，必须经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 这些规章制度还必须向劳动者进行公示或告知，例如通过公告栏张贴、组织员工培训学习、让员工签署知晓确认书等方式。如果规章制度未经上述民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么基于这样的规章制度扣减员工工资将是违法的。
扣工资数额合理：
- 即便规章制度合法，扣减工资的行为也必须在合理的范围内进行。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以要求其赔偿，但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 对于仅仅是迟到而未给单位造成实际经济损失的情况，如果扣除了较大比例的工资（如当天甚至几天的工资），这显然是不合理的，也属于违法行为。例如，员工月工资5000元，因迟到一次扣除1000元，这很可能被视为不合理扣减。
二、规章制度不合法或不合理的情况下，扣工资违法
规章制度不合法：
- 如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法（如未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者），则公司不能以迟到为由扣工资。
扣工资数额不合理：
- 若公司扣薪幅度过大，严重损害了劳动者的合法权益，即使公司有规章制度，该扣薪行为也可能被认定为违法。比如，员工迟到一次，公司扣除其当月全部奖金或绩效工资，这通常是不合理的。
缺乏法律依据：
- 根据现行法律法规，《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》等并未赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利。因此，如果公司以迟到为由直接扣除员工工资，而没有其他合法依据（如规章制度中的明确规定且该规定合法合理），则构成对劳动者合法权益的侵犯。
三、特殊情况下的处理
不可抗力因素：
- 如因自然灾害、交通事故等不可抗力因素导致迟到，员工应及时向用人单位说明情况并提供相关证明，用人单位不应扣除工资。例如，员工因暴雨导致交通瘫痪而迟到，且能提供相关天气预报或交通管制证明，公司应不予扣减工资。
合理的宽限期：
- 一些用人单位会给予员工一定的宽限期（如几分钟到半小时），在此时间内迟到不视为违纪，也不扣除工资。这是公司人性化管理的体现，也符合法律法规的精神。
四、建议与注意事项
了解公司规章制度：
- 员工应仔细阅读公司的规章制度，了解关于迟到扣款的具体规定。如果规章制度不合法或不合理，员工有权向公司提出异议或向相关部门投诉。
保留证据：
- 如认为扣款不合理，员工应保留好相关证据（如考勤记录、工资条、规章制度文本等），以便在维权时提供有力支持。
协商与投诉：
- 在发生争议时，员工可与用人单位进行协商沟通，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
总结来说，公司以迟到为由扣工资是否违法，取决于规章制度的合法性与合理性以及扣减工资的行为是否合理。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。