分居协议可以通过短信形式发送给对方，但短信形式可能存在法律效力上的瑕疵，建议采用更正式的书面形式并签字确认。具体分析如下：

1. 短信作为证据的效力问题
   根据《民法典》第469条，书面形式包括合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。短信属于电子数据范畴，理论上可作为证据使用，但需满足以下条件：

   • 能证明发送方与接收方的身份（如手机号实名认证、短信内容中明确双方身份）；
     
   • 内容完整未被篡改（需通过公证或第三方存证平台固定证据）；
     
   • 双方对协议内容无争议（若一方否认，可能需其他证据佐证）。
     风险提示：若仅通过短信沟通，未留存其他证据（如录音、聊天记录等），一旦发生纠纷，对方可能以“未同意”或“内容不完整”为由抗辩，导致协议效力存疑。

2. 分居协议的生效要件
   分居协议本质是民事合同，需满足《民法典》第143条规定的生效条件：

   • 双方具有完全民事行为能力；
     
   • 意思表示真实（无欺诈、胁迫）；
     
   • 内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
     关键点：即使通过短信发送，若内容明确约定了分居期限、财产处理、子女抚养等事项，且双方无异议，仍可能被认定为有效。但为避免争议，建议补充书面签字文件。

3. 实务建议

   • 优先选择书面形式：打印协议文本，双方签字并按手印，必要时可公证或由律师见证；
     
   • 短信可作为辅助证据：若已通过短信发送，可保存原始载体（如手机），并同步通过邮件、微信等方式确认内容，形成证据链；
     
   • 明确关键条款：协议中需写明分居原因、期限、财产归属、子女抚养权及探视权等，避免模糊表述。

总结：短信发送分居协议在技术上可行，但存在法律风险。为保障权益，建议补充书面签字文件，并咨询专业律师对协议内容进行审核。若有进一步疑问，可直接向我提问。