校车因违法行为被扣三分，主要涉及以下几种情形：

1. 不按照规定避让校车的：

   • 根据《道路交通安全法》及相关规定，机动车在行驶过程中，遇到校车停靠上下学生时，应当停车等待，不得鸣喇叭或者使用灯光催促校车。如果机动车不按照规定避让校车，将会被处以罚款，并扣三分。这是为了保障校车及学生的安全，确保校车能够顺利、安全地完成接送任务。

2. 校车未运载学生上道路行驶，使用校车标牌、校车标志灯和停车指示标志的：

   • 校车在未运载学生时，不得使用校车标牌、校车标志灯和停车指示标志。如果校车在未运载学生的情况下仍然使用这些标志，将会被视为违法行为，并扣三分。这是为了维护交通秩序，防止其他车辆因误认校车而采取不必要的避让措施，从而引发交通事故。

3. 校车驾驶人驾驶校车上道路行驶前，未对校车车况是否符合安全技术要求进行检查的：

   • 校车驾驶人在每次驾驶校车前，都有义务对校车的车况进行全面检查，确保校车符合安全技术要求。如果驾驶人未履行这一义务，直接驾驶存在安全隐患的校车上路，将会被扣三分。这是为了预防因校车故障而引发的交通事故，保障学生的生命安全。

4. 驾驶校车运载学生，不按照规定放置校车标牌、开启校车标志灯，或者未按照经审核确定的线路行驶的：

   • 校车在运载学生时，必须按照规定放置校车标牌、开启校车标志灯，并按照经审核确定的线路行驶。如果校车驾驶人未遵守这些规定，将会被扣三分。这是为了确保校车在行驶过程中能够被其他车辆和行人清晰识别，从而采取必要的避让措施，保障校车的安全行驶。

5. 驾驶校车上道路行驶，未按照规定对校车进行安全维护的：

   • 校车作为承载学生安全的重要交通工具，必须定期进行安全维护，确保车辆性能良好。如果校车驾驶人未按照规定对校车进行安全维护，将会被扣三分。这是为了预防因校车维护不当而引发的交通事故，保障学生的出行安全。

法律后果与建议：

• 对于上述违法行为，除了扣分外，还可能面临罚款等处罚。因此，校车驾驶人应严格遵守交通法规，确保校车的安全行驶。
• 如果校车驾驶人因违法行为被扣分，应及时处理违章记录，避免影响驾驶证的审验和换证。
• 作为校车管理单位，应加强对校车驾驶人的培训和管理，提高他们的交通安全意识和法律意识，确保校车的安全运营。

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