公司恶意诬陷员工，公司应当承担的法律责任主要包括民事责任、行政责任，若情节严重还可能涉及刑事责任。以下从这三个方面为你详细分析：
一、民事责任
名誉权侵权责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千零二十四条，民事主体享有名誉权，任何组织或者个人不得以侮辱、诽谤等方式侵害他人的名誉权。公司恶意诬陷员工，若导致员工社会评价降低，构成对员工名誉权的侵害。
- 员工有权要求公司停止侵害、恢复名誉、消除影响、赔礼道歉，并可以要求赔偿因名誉权受损而遭受的损失，包括精神损害抚慰金。
劳动合同违约责任：
- 若公司诬陷员工的行为违反了劳动合同中的约定，如诚信义务、保密义务等，员工有权依据劳动合同要求公司承担违约责任，包括赔偿因违约行为造成的损失。
二、行政责任
- 如果公司的诬陷行为违反了《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，如公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，公安机关有权对公司相关责任人员（如直接负责的主管人员和其他直接责任人员）进行行政处罚，包括警告、罚款、拘留等。
- 需要注意的是，行政处罚通常针对个人，但在某些情况下，如果公司作为单位组织、教唆员工实施诬陷行为，公司也可能受到相应的行政处罚，不过这更多依赖于具体案件情况和相关法律法规的适用。
三、刑事责任
诽谤罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百四十六条，以暴力或者其他方法公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
- 若公司恶意诬陷员工，且情节严重（如造成员工严重精神损害、社会评价极度降低等），公司相关责任人员可能构成诽谤罪，需承担刑事责任。
损害商业信誉、商品声誉罪（若涉及公司间竞争）：
- 虽然此罪名主要针对公司间的商业竞争行为，但如果公司恶意诬陷员工的行为同时损害了其他公司的商业信誉或商品声誉，且情节严重，公司相关责任人员也可能构成此罪。不过，这种情况在员工被诬陷的场景中较为少见。
法律建议
- 收集证据：员工在遭遇公司恶意诬陷时，应第一时间收集相关证据，包括书面材料、录音、录像、证人证言等，以证明公司的诬陷行为。
- 及时维权：员工可以根据具体情况选择向法院提起民事诉讼、向公安机关报案或向劳动监察部门投诉等方式维护自己的合法权益。
- 咨询专业律师：在处理此类纠纷时，建议员工及时咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权利和义务，以及更有效地维护自己的合法权益。
总结来说，公司恶意诬陷员工是一种严重的违法行为，不仅可能承担民事责任，还可能面临行政处罚甚至刑事责任。员工在遭遇此类情况时，应勇敢站出来维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。