下穿基本农田，如果改变了基本农田的用途或进行了非农业建设，且未经法定程序审批，那么通常会被认定为占用基本农田。以下是对此问题的详细分析：

一、基本农田的定义与保护原则

基本农田是指为满足一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。国家实行基本农田保护制度，任何单位和个人都不得擅自占用或改变其用途。

二、占用基本农田的认定

1. 用地性质改变：若将基本农田用于非农业建设，如建造建筑物、构筑物或进行其他非农业活动，即视为改变了基本农田的用途，构成占用。

2. 审批程序缺失：使用基本农田必须经过严格的审批程序。未经依法批准，任何占用行为均属违法。

三、下穿基本农田的具体情况分析

1. 如果下穿行为未改变基本农田的用途：例如，只是进行地下管道的铺设，且未对地面耕作层造成破坏，那么通常不会被认定为占用基本农田。

2. 如果下穿行为改变了基本农田的用途：例如，在下穿过程中建设了永久性建筑或进行了其他非农业建设，那么就会被认定为占用基本农田，需要依法进行审批并承担相应的法律责任。

四、法律后果与建议

1. 法律后果：未经批准占用基本农田是违法的，可能会面临罚款、恢复原状、承担刑事责任等法律制裁。

2. 建议：在进行任何涉及基本农田的活动前，务必咨询当地自然资源主管部门，了解相关法律法规和政策要求，确保行为的合法性和合规性。

综上所述，下穿基本农田是否算占用基本农田，取决于具体行为是否改变了基本农田的用途以及是否经过了法定程序的审批。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。