关于起诉主债权时未主张抵押权的诉讼时效问题，结论前置如下：
主债权诉讼时效与抵押权诉讼时效的关系：主债权的诉讼时效与抵押权的诉讼时效是相互独立的。主债权的诉讼时效期间，通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。而抵押权作为从权利，其诉讼时效的起算和期间可能受到主债权诉讼时效的影响，但并非完全一致。若主债权诉讼时效已过，抵押权人虽仍可能享有抵押权，但在行使时可能面临债务人提出诉讼时效抗辩的风险。
未在主债权诉讼中主张抵押权的后果：若在主债权的诉讼中，债权人未同时主张抵押权，这并不意味着抵押权自动消灭或无法再行使。抵押权人仍可以在主债权诉讼时效期间内或之后，单独就抵押权提起诉讼或采取其他法律措施来行使抵押权。但需注意，若主债权诉讼时效已过，且债务人提出诉讼时效抗辩，法院可能不支持债权人的主债权请求，进而影响抵押权的实现。
详细分析：
主债权诉讼时效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于主债权。若债权人在三年内未向债务人主张权利，且债务人提出诉讼时效抗辩，则债权人可能丧失胜诉权。
抵押权诉讼时效的独立性：抵押权作为担保物权，其存在并不完全依赖于主债权的诉讼时效。即使主债权的诉讼时效已过，抵押权人仍可能享有抵押权，并有权在符合法律规定的条件下行使该权利。然而，在实际操作中，若主债权诉讼时效已过，债务人可能会提出诉讼时效抗辩，从而影响抵押权的实现。
未主张抵押权的法律后果：在主债权的诉讼中未主张抵押权，并不导致抵押权的消灭。抵押权人仍可以在后续的法律程序中，如单独提起抵押权诉讼、申请强制执行等，来行使抵押权。但需注意，行使抵押权时可能受到主债权诉讼时效、抵押物状态、债务人偿债能力等多种因素的影响。
法律建议：
及时行使权利：债权人应在主债权诉讼时效期间内及时行使权利，包括主张主债权和抵押权。若因特殊原因未能及时行使，应尽快采取法律措施来补救，如与债务人协商延长诉讼时效、提起诉讼等。
完善证据材料：在行使抵押权时，债权人应准备充分的证据材料来证明抵押权的存在、抵押物的状态以及债务人的偿债能力等。这些证据材料对于法院认定抵押权的有效性以及实现抵押权至关重要。
咨询专业律师：由于法律问题的复杂性和专业性，债权人在行使抵押权或处理相关法律事务时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助债权人更好地维护自身权益。
举例说明：
假设甲向乙借款100万元，并以自己的房产作为抵押。借款到期后，甲未按时还款。乙在三年内未向甲主张权利，也未在主债权的诉讼中主张抵押权。三年后，乙决定行使抵押权。此时，虽然主债权的诉讼时效已过，但乙仍可以单独就抵押权提起诉讼或采取其他法律措施来行使抵押权。然而，若甲提出诉讼时效抗辩，法院可能不支持乙的主债权请求，进而影响抵押权的实现。因此，乙在行使抵押权时需谨慎考虑并准备充分的证据材料。