综合年利率35.99%在多数情况下是不合法的，但具体还需结合借款合同的具体条款、借款期限以及相关法律法规的适用情况来判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律法规的利率限制

根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，借贷双方约定的利率未超过年利率24%，出借人请求借款人按照约定的利率支付利息的，人民法院应予支持。借贷双方约定的利率超过年利率36%，超过部分的利息约定无效。借款人请求出借人返还已支付的超过年利率36%部分的利息的，人民法院应予支持。虽然该规定主要针对民间借贷，但金融机构的贷款利率也受到类似原则的约束，即利率应当合理，不得过高。

• 年利率24%以下：合法，受法律保护。
• 年利率24%-36%之间：自然债务区，如果借款人已经支付，法院不会要求返还；但如果未支付，出借人要求支付，法院也不会支持。
• 年利率超过36%：超过部分无效，借款人可以要求返还已支付的超额利息。

综合年利率35.99%已经接近甚至可能超过某些情境下的法定上限（尤其是如果考虑到复利、手续费等其他费用时），因此，在多数情况下，这样的利率水平是不合法的。

2. 借款合同的具体条款

除了法律法规的利率限制外，借款合同的具体条款也会影响利率的合法性。如果借款合同中明确约定了综合年利率为35.99%，并且该约定不违反法律法规的强制性规定（如未超过法定上限），同时借款人也在合同上签字确认，那么从合同法的角度来看，该利率约定可能是有效的。但是，如果利率超过了法定上限，即使借款合同中有约定，该部分利息约定也是无效的。

3. 借款期限的影响

借款期限也是影响利率合法性的一个因素。在某些情况下，短期借款的利率可能会相对较高，但仍然需要遵守法律法规的利率限制。如果综合年利率35.99%是针对短期借款而言的，并且没有超过法定上限（考虑到借款期限较短，实际年化利率可能并未超标），那么该利率可能是合法的。然而，在大多数情况下，综合年利率35.99%都远高于合理水平，因此很难被认定为合法。

4. 实际操作中的建议

• 对于借款人：如果面临高利率的借款合同，应仔细审查合同条款，确保利率水平合法。如果发现利率过高或存在其他不合理条款，应及时与出借人协商修改或寻求法律援助。
• 对于出借人：在设定借款利率时，应遵守法律法规的利率限制，避免设定过高的利率导致合同无效或引发法律纠纷。

总结来看，综合年利率35.99%在多数情况下是不合法的，尤其是当该利率超过法定上限时。如果你面临类似的借款合同或利率问题，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。