核心结论：同一公司的3台巡游出租车在异地营运陆续违法，公司作为主体可能面临行政处罚，具体罚款金额和处罚措施需结合违法情节、地方性法规及部门规章综合判定。以下从处罚依据、处罚主体、处罚标准、后续责任三个角度展开分析：

1. 处罚依据：异地营运的违法性

根据《巡游出租汽车经营服务管理规定》（交通运输部令2021年第16号）第二十一条，巡游出租车需在许可的经营区域内从事经营活动，超出许可区域营运属于违法行为。若3台车均在异地（非许可区域）营运，均构成“异地营运”或“未取得经营许可从事出租汽车客运经营”（若异地未取得许可），公司作为车辆所有人或经营主体，需承担行政责任。

2. 处罚主体：公司是主要责任方

• 直接责任：公司作为巡游出租车的经营主体，对车辆运营负有管理义务。若车辆异地营运，交通运输主管部门可认定公司存在“未履行管理职责”或“放任违法行为”的情形，直接对公司进行处罚。
• 连带责任：若司机受公司指派或公司存在默许行为（如未制止异地接单），公司可能需承担连带责任；若司机私自异地营运，公司仍可能因“未尽到监管义务”被处罚，但情节较轻。

3. 处罚标准：需结合违法情节与地方规定

• 基础罚款：根据《巡游出租汽车经营服务管理规定》第四十五条，对“未取得经营许可从事出租汽车客运经营”的，由县级以上地方人民政府出租汽车行政主管部门责令改正，并处以5000元以上2万元以下罚款；若构成犯罪的，依法追究刑事责任。
• 情节加重：若3台车存在多次违法（如短期内陆续被查处）、拒不改正、造成严重后果（如交通事故、群体性投诉）等情形，罚款可能顶格处罚（2万元），并可能面临停业整顿、吊销经营许可等更严厉措施。
• 地方差异：部分省份或城市可能制定地方性法规或部门规章，对异地营运的罚款标准更高（如3万元以下），需以当地具体规定为准。

4. 后续责任：公司需整改并防范风险

• 整改义务：公司需立即停止异地营运行为，加强车辆调度管理（如安装GPS监控、限制接单区域），并向交通运输主管部门提交整改报告。
• 信用惩戒：若公司多次违法，可能被纳入交通运输领域信用“黑名单”，影响后续经营许可审批、政府补贴申请等。
• 民事赔偿：若异地营运导致乘客或第三方受损，公司可能需承担民事赔偿责任（如交通事故赔偿）。

建议：公司应尽快核查3台车的违法记录，主动配合交通运输主管部门调查，争取从轻或减轻处罚；同时完善内部管理制度，避免类似行为再次发生。如有具体案件细节（如违法时间、地点、是否取得异地许可等），可进一步向我咨询，我会结合地方规定提供更精准的分析。