结论：房贷在1号还款，3号凌晨12点还款是否算逾期，需结合贷款合同约定、银行操作规则以及是否存在宽限期等因素综合判断，具体分析如下：

1. 合同约定优先：还款日与宽限期的核心条款
   房贷还款是否逾期，首先需以《借款合同》中的明确约定为准。若合同中载明“还款日为每月1日，超过当日24:00未还款即构成逾期”，则3号凌晨还款必然属于逾期；若合同约定“还款日后3日内还款不视为逾期”（即存在3天宽限期），则3号凌晨还款仍在宽限期内，不构成逾期。
   法律依据：根据《民法典》第675条，借款人应按约定期限返还借款，合同条款是判断逾期的基础依据。

2. 银行操作规则的补充作用
   即使合同未明确宽限期，部分银行在实际操作中会自行设定宽限期（如1-3天），但需注意：

   • 宽限期并非法定权利，而是银行单方提供的便利，可能因银行政策、贷款类型（如公积金贷款与商业贷款）或客户资质（如信用等级）而异；
     
   • 即使存在宽限期，银行仍可能对宽限期内还款收取滞纳金或影响征信（如标记“关注”而非“逾期”）。
     建议：直接联系贷款银行确认宽限期政策，避免因信息误差导致损失。

3. 还款时间节点的技术性判断
   若合同无宽限期且银行无特殊政策，需进一步分析还款操作时间：

   • 自动扣款：若绑定银行卡自动扣款，需确认银行扣款时间（如1日24:00前）。若因余额不足导致扣款失败，即使3号补存，仍可能因“未按时足额还款”被认定为逾期；
     
   • 主动还款：若通过银行柜台、网银或第三方平台主动还款，需以资金实际到账时间为准。若3号凌晨还款但因系统延迟导致1日未到账，可能被认定为逾期。
     关键点：保留还款凭证（如转账记录、扣款短信），以便在争议时证明还款意愿。

4. 逾期的法律后果与应对
   若最终被认定为逾期，可能面临以下后果：

   • 征信记录受损：银行将向央行征信系统报送逾期信息，影响未来贷款、信用卡申请；
     
   • 罚息与违约金：按合同约定收取逾期利息（通常为正常利率的1.5倍）及违约金；
     
   • 加速到期风险：连续多期逾期可能触发银行宣布贷款提前到期，要求一次性偿还剩余本金。
     应对建议：若因特殊原因（如系统故障、不可抗力）导致逾期，可向银行提交书面说明并申请撤销征信记录；若已产生逾期，尽快补还欠款并协商减免罚息。

总结：房贷还款是否逾期需以合同约定为核心，结合银行政策与实际操作时间综合判断。建议您：

1. 立即查阅《借款合同》中关于还款日与宽限期的条款；
   
2. 联系贷款银行确认宽限期政策及还款时间认定规则；
   
3. 保留所有还款凭证，避免因技术性问题导致不必要的损失。
   如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体合同条款与银行政策为您详细分析。