结论：在公司做兼职是可以签订协议的，而且从保障双方权益的角度出发，强烈建议签订书面协议。

一、法律背景与兼职性质

1. 非全日制用工：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，非全日制用工双方当事人可以订立口头协议。非全日制用工通常指以小时计酬为主，劳动者在同一用人单位平均每日工作时间不超过四小时，每周工作时间累计不超过二十四小时的用工形式。然而，尽管法律允许口头协议，但书面协议能更清晰地明确双方的权利和义务，减少潜在的纠纷。

2. 劳务关系：如果兼职并非非全日制用工，而是基于劳务关系进行的合作，那么签订书面协议就显得尤为重要。劳务关系中，双方通常没有严格的隶属关系，而是基于合同约定的权利义务进行合作。书面协议可以详细规定劳务工作的具体内容、劳务报酬标准、支付时间和方式、工作条件、违约责任等重要条款，为双方提供明确的法律保障。

二、不签协议的风险

1. 对于劳动者：

   • 缺乏证据支持：在无协议情况下，若发生工资拖欠、工作量随意增加或劳动条件不符等纠纷，劳动者难以证明双方约定的工作内容、报酬标准等关键事项，维权难度增大。
   • 权益保护不足：没有协议作为依据，劳动者在面临不公平对待时，其合法权益的保护将受到严重影响。

2. 对于用人单位：

   • 工作范围不明确：无协议可能导致劳动者工作范围模糊，工作要求不清晰，进而影响工作效率和秩序。
   • 法律风险增加：若劳动者因工作受伤且责任未明，用人单位可能面临法律责任认定和赔偿方面的争议。
   • 商业秘密泄露风险：未签订协议可能无法有效约束劳动者的保密义务，增加商业秘密泄露的风险。

三、签订协议的好处

1. 明确权利义务：协议详细约定工作内容、工作时间、报酬支付方式、福利待遇等关键内容，使双方都清楚自己的权利和义务，减少理解不一致导致的纠纷。
2. 法律保障增强：当一方不履行协议义务时，另一方可以依据协议条款通过协商、调解或法律诉讼等途径维护自己的合法权益。
3. 促进和谐劳动关系：明确的协议条款有助于建立双方之间的信任，促进劳动关系的和谐稳定。

四、签订兼职协议时的注意事项

1. 信息明确：协议中应详细写明工作内容、时间、地点、薪酬等基本信息，确保双方对合作细节有明确的了解。
2. 公平合理：仔细审查协议条款，确保不存在不公平或不合理的约定。如发现有损自身权益的条款，应及时提出并协商修改。
3. 特殊要求：如果兼职工作涉及特殊要求，如保密义务或排他性条款（即不能与其他单位签订同类兼职协议），这些也应在协议中明确约定。
4. 仔细阅读：在签订协议前，务必仔细阅读每一项条款，确保自己完全理解并接受其中的内容。如有疑问或不满，应及时与对方沟通并寻求解决方案。

五、特殊情况说明

如果兼职并非非全日制用工，而是建立了正式的劳动关系，那么用人单位必须按照法律规定与劳动者签订书面劳动合同。否则，用人单位可能会面临法律责任，如向劳动者支付双倍工资等惩罚性措施。

建议：无论兼职属于何种形式，签订书面协议都是保障双方权益的有效手段。通过明确工作内容、时间、薪酬等关键信息，以及设定公平合理的条款，可以大大降低未来发生纠纷的风险。因此，在进行兼职工作时，建议双方积极协商并签订书面协议。如果你在签订兼职协议过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。