纸质档案在刑事案件中一般会留档，但具体留档情况需结合案件性质、处理阶段及档案管理规定综合判断，以下分情况说明：

1. 侦查阶段留档
   公安机关在立案侦查阶段形成的纸质档案（如受案登记表、询问笔录、现场勘验记录等）会作为案件材料留存，即使案件最终未进入起诉或审判程序，也会按照《公安机关办理刑事案件程序规定》归档保存，保存期限通常为长期（30年以上）。

2. 审查起诉阶段留档
   检察院审查起诉时，会接收公安机关移送的纸质案卷材料，并补充制作审查报告、讯问笔录等。若案件作出不起诉决定，纸质档案仍需留存，保存期限依据《人民检察院刑事诉讼规则》执行，一般为永久或长期保存。

3. 审判阶段留档
   法院审理案件形成的纸质档案（如起诉书、证据材料、庭审笔录、判决书等）是司法文书的重要组成部分，根据《人民法院档案工作规定》，刑事案件档案需永久保存，以备后续查阅、复核或再审使用。

4. 特殊情形处理

   • 未成年人案件：根据《刑事诉讼法》第286条，涉及未成年人犯罪的档案可能被封存，但封存不等于销毁，仍需留存于专门档案库，非法定事由不得调阅。
     
   • 销毁程序：仅当案件经法定程序撤销、宣告无罪，且符合《公安机关办理刑事案件程序规定》第290条的销毁条件时，纸质档案可能被销毁，但此类情形极为严格，实践中极少发生。

总结：纸质档案在刑事案件中原则上永久或长期留存，既是司法程序的要求，也是保障当事人权利、维护司法公正的必要措施。若您涉及具体案件需查询档案状态，可直接向我咨询，我将结合案情进一步分析。