对于营运车辆49座超载两个两三岁孩子的情况，属于超载违法行为，将面临行政处罚，具体处罚措施如下：
处罚依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第四十九条，机动车载人不得超过核定的人数，客运机动车不得违反规定载货。
- 同时，依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》第九条，驾驶7座以上载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上未达到百分之五十的，一次记6分（需注意，此条款虽直接针对7座以上但未明确上限的车辆，而49座车辆超载比例的计算逻辑与之类似，实际执法中会按超载实际比例处理；若超载比例未达20%也有相应处罚，且超载儿童无论年龄大小均计入载客数量）。对于49座车辆，超载2人，超载比例约为4.08%（2÷49×100%），虽未达到20%的记分标准，但仍属于超载违法行为。
具体处罚措施：
- 罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。对于超载2人的情况，通常会在二百元以上五百元以下的幅度内进行罚款，具体数额由交警部门根据实际情况裁量。
- 扣车（如适用）：在超载严重或存在其他安全隐患的情况下，交警部门有权扣留机动车，直至违法状态消除。
- 转运乘客：交警部门会要求驾驶员立即转运超载的乘客，以确保道路交通安全。
特殊情况说明：
- 儿童计入载客数量：在计算载客人数时，无论儿童年龄大小，均应计入总人数。因此，即使两个孩子是两三岁的幼儿，也应被计入超载人数。
- 执法灵活性：虽然法律对超载行为有明确的处罚规定，但交警部门在执法过程中也会考虑实际情况，如超载人数较少、情节轻微且未造成严重后果的，可能会从轻或减轻处罚。然而，这并不意味着超载行为可以被容忍或忽视。
建议：作为营运车辆的驾驶员，应严格遵守道路交通安全法律法规，确保车辆不超载、不超速、不疲劳驾驶等，以保障乘客和自身的安全。如果遇到超载等违法行为被查处的情况，应积极配合交警部门的处理，并吸取教训，避免再次发生类似违法行为。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。