结论：有官司的公司通常不可以直接注销，需待所有法律事务处理完毕后方可依法申请注销。以下是对这一结论的详细分析：
一、法律程序角度
公司注销是一个涉及债权债务清理、法律责任承担等重要法律问题的行政程序。在面临法律纠纷或官司时，公司必须经过严格的清算流程，包括清理公司的债权债务、通知债权人申报债权等关键步骤。如果公司在尚有未了结的法律纠纷或官司的情况下强行注销，将严重损害债权人的利益。例如，在合同纠纷中，若公司注销，胜诉方可能因公司主体的消失而无法获得应有的赔偿，导致债权无法实现。
二、法律规定角度
根据相关法律规定，公司在存在未决诉讼的情况下进行注销是违法违规的行为。这种违规行为一旦被发现，相关责任人员可能需要对公司的债务承担连带责任或其他相应的法律责任。因此，为了避免不必要的法律风险和经济损失，公司在有官司时不得擅自进行注销。
三、实际操作角度
虽然公司有官司时不能直接注销，但并不意味着公司最终无法注销。如果公司与对方达成和解，或者通过法院判决、裁定等方式妥善解决了官司涉及的债务、纠纷等问题，并完成了合法的清算程序后，是可以依法向相关部门提出注销申请的。换句话说，只有在公司涉及的债权债务关系得到妥善处理，确保没有其他未尽事宜后，才可以进行注销操作。
四、法律建议
先解决官司问题：作为公司法人，你应当积极应对官司，与对方协商解决或通过法律途径解决纠纷。确保所有法律事务得到妥善处理，是注销公司的前提条件。
完成清算程序：在官司解决后，你需要按照法律规定完成公司的清算程序，包括清理债权债务、通知债权人申报债权等。这是注销公司的必要步骤。
依法申请注销：在完成清算程序后，你可以依法向相关部门提出注销申请。在申请过程中，你需要提供必要的文件和资料，以证明公司已经完成了清算程序且没有其他未尽事宜。
后续思考：在处理公司注销问题时，你还需要考虑公司员工的安置、税务清算等其他方面的问题。如果你对这些方面存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据你的具体情况提供有针对性的法律建议。