村民小组在农村农业局登记的集体股份合作社中，小组长作为法定代表人，其身份是否可以由副小组长担任，这主要取决于合作社的章程以及相关法律法规的规定，但通常情况下，若章程无特别限制，且副小组长符合担任法定代表人的资格条件，是可以担任的。以下从几个方面进行详细分析：
法定代表人的定义与资格：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法定代表人是指依照法律或者法人章程的规定，代表法人从事民事活动的负责人。法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。
- 担任法定代表人通常需要具备一定的资格条件，如具有完全民事行为能力、无违法犯罪记录等，具体条件可能因合作社章程或相关法律法规而有所不同。
合作社章程的规定：
- 集体股份合作社的章程是合作社内部管理的基本准则，它规定了合作社的组织结构、管理方式、成员权利与义务等重要事项。
- 如果合作社章程中明确规定了法定代表人的选任方式、资格条件等，那么应当遵循章程的规定。若章程未明确禁止副小组长担任法定代表人，且副小组长符合章程规定的资格条件，那么副小组长是可以担任法定代表人的。
相关法律法规的考量：
- 除了合作社章程外，还需要考虑相关法律法规对法定代表人选任的规定。虽然《公司法》主要规范的是公司制企业的法定代表人选任，但集体股份合作社作为农村集体经济组织的一种形式，其法定代表人选任也可能受到类似原则的约束。
- 一般来说，只要副小组长符合法律法规规定的担任法定代表人的基本条件，且没有违反法律法规的禁止性规定，就可以担任法定代表人。
实际操作中的建议：
- 在实际操作中，建议首先查阅合作社的章程，了解其中对法定代表人选任的具体规定。
- 如果章程中没有明确规定或者规定不明确，可以咨询当地农村农业局或者相关法律专业人士，了解具体的操作流程和注意事项。
- 同时，作为副小组长，如果打算担任法定代表人，也需要确保自己符合担任法定代表人的资格条件，并了解担任法定代表人后需要承担的责任和义务。
总结来说，副小组长在符合合作社章程和相关法律法规规定的前提下，是可以担任村民小组在农村农业局登记的集体股份合作社的法定代表人的。但具体操作时，建议详细查阅合作社章程并咨询相关法律专业人士，以确保操作的合法性和合规性。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。