在电动车闯红灯导致的交通事故中，若机动车被判定为次要责任，其赔付问题需依据法律规定、双方过错程度以及保险条款等多方面因素来综合确定。以下是对此问题的详细解答：
一、责任划分依据
首先，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条的规定，当机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故时，若非机动车驾驶人、行人存在过错，则根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任。在您所描述的情况中，电动车闯红灯是明显的过错行为，而机动车被判定为次要责任，这通常意味着机动车方也存在一定的过错，如未遵守限速规定、未保持安全注意义务或采取措施不当等。
二、赔付比例与方式
赔付比例：
- 在双方均有过错的情况下，赔付比例通常根据双方过错对事故发生的作用及严重程度来确定。电动车闯红灯作为主要过错，将承担大部分责任，而机动车作为次要过错方，则承担较小比例的责任。具体比例可能因地区、事故具体情况及交警部门的判断而有所不同，但一般机动车方承担的比例不会超过50%。
赔付方式：
- 机动车方的赔付通常通过其投保的交强险和商业险来承担。交强险是法定强制保险，用于赔偿因交通事故造成的人身伤亡和财产损失，其赔偿限额是固定的。商业险则是车主自愿购买的，用于补充交强险的不足，提供更全面的保障。
- 在赔付过程中，机动车方需及时与保险公司沟通，提供事故认定书、医疗证明、财产损失评估等相关材料，以便保险公司进行理赔。
三、特殊情况与考量
道路和交通环境因素：
- 如果事故发生时存在道路视线受阻、交通标志标线不清晰等特殊情况，这些因素可能在责任认定时被考虑，从而适当减轻电动车的责任并判定机动车承担一定责任。
保护弱势方原则：
- 在事故责任划分中，交警可能会倾向于保护弱势方（即非机动车驾驶人或行人）。因此，即使机动车一方没有明显过错，也可能因保护弱势方的原则而被判定承担次要责任。
电动车骑行者的特殊情况：
- 如果电动车骑行者为未成年人、身体残疾或精神障碍者等，其对交通规则的认知和判断能力有限，这在责任认定时也可能会被适当考虑，从而影响赔付比例。
四、建议与救济途径
及时沟通：
- 机动车方在事故发生后应及时与交警和保险公司沟通，明确责任划分并妥善处理赔偿事宜。
复核申请：
- 如果对交警的责任划分有异议，可以在交通事故认定书送达之日起三日内向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。
咨询专业律师：
- 在处理此类事故时，建议咨询专业律师以获取更详细的法律意见和帮助，确保自身权益得到妥善维护。
综上所述，电动车闯红灯导致的交通事故中机动车方被判次责时的赔付问题需综合考虑多方面因素。机动车方应积极配合交警和保险公司的处理工作，并在必要时寻求专业律师的帮助以维护自身权益。