企查查作为一家提供企业信息查询服务的平台，其合法性主要取决于其运营方式是否符合相关法律法规的规定。从您提供的参考信息中，我们可以进行以下详细分析：

首先，从第一个案例来看，小吴因出售在天眼查、企查查等网站上下载的公开企业工商登记信息而被公安机关传唤，但最终检察机关认定其行为不构成侵犯公民个人信息罪。这一认定基于民法典的相关规定，即合理处理已经合法公开的信息，且没有证据证实该行为遭到权利人拒绝或侵害其重大利益的，行为人不承担民事责任。这一案例说明，企查查等平台提供的企业信息，如果是已经合法公开的，且在使用过程中没有违反相关法律法规，那么其运营行为是合法的。

其次，从第二个案例来看，栖霞区法院向企查查发送司法建议，是因为企查查在处理数据时未能充分保护个人隐私，导致当事人信息被不当公开。然而，企查查在收到司法建议后，积极进行了回应，并采取了措施加强管理、提升法律意识，对相关数据进行了升级更新。这一案例虽然指出了企查查在数据保护方面存在的问题，但也显示了其愿意接受监督、积极改进的态度。

综合以上分析，我们可以得出以下结论：

企查查作为一家提供企业信息查询服务的平台，其合法性主要取决于其是否依法收集、处理和使用信息。如果企查查在运营过程中严格遵守相关法律法规，尊重和保护个人隐私，不泄露、不滥用用户信息，那么其运营行为就是合法的。同时，企查查也应当不断加强自身管理，提升法律意识，确保数据的合法合规使用，以维护用户权益和企业声誉。

因此，对于“企查查合法吗”这一问题，我们可以回答：企查查在依法运营、尊重和保护个人隐私的前提下是合法的。但用户在使用企查查等平台时，也应当注意保护自己的个人隐私和信息安全，避免泄露敏感信息。