和员工签订合作协议是否合法，这主要取决于协议的具体内容以及双方的真实意图和实际履行情况。以下从几个不同角度进行分析：
协议性质与劳动关系：
- 如果合作协议实际上构成了劳动关系，即员工接受公司的管理，从事公司安排的工作，并获取报酬，那么这份协议在本质上可能被视为劳动合同。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。因此，在这种情况下，如果仅以合作协议的形式来规避劳动合同法的规定，是不合法的。
- 反之，如果双方确实是以合作的方式共同开展业务，员工享有较大的自主权，且报酬与业务成果直接相关，那么这份合作协议可能是合法的。
协议内容合法性：
- 合作协议的内容必须符合法律法规的规定，不得包含违法、违规或侵犯他人权益的条款。例如，协议中不得约定违反劳动法规定的加班、休假、工资支付等条款。
- 协议中的权利义务应当明确、合理，且双方应当平等自愿地签订协议，不存在欺诈、胁迫等情形。
实际履行情况：
- 即使合作协议在形式上合法，但如果在实际履行过程中，双方的行为与协议约定不符，或者一方违反了协议约定，那么也可能引发法律纠纷。
- 例如，如果公司实际上对员工进行了严格的管理，要求员工遵守公司的规章制度，那么这种行为可能表明双方之间存在劳动关系，而非合作关系。
法律建议：
- 在签订合作协议前，双方应当明确各自的权利义务，确保协议内容合法、合理，且符合双方的真实意图。
- 如果双方之间存在劳动关系，应当签订劳动合同，并遵守劳动合同法的相关规定。
- 在实际履行过程中，双方应当按照协议约定履行各自的义务，避免引发法律纠纷。
可能的法律后果：
- 如果合作协议被认定为劳动合同，但公司未按照劳动合同法的规定与员工签订劳动合同或履行相关义务，公司可能面临支付双倍工资、经济补偿等法律责任。
- 如果合作协议中存在违法、违规或侵犯他人权益的条款，这些条款可能被认定为无效，且公司可能面临相应的法律处罚。
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