针对在自家耕地上修建的农家院，法院的执行方式需根据具体情况判断，核心结论如下：

1. 若修建行为被认定为违法，法院可能强制拆除并恢复土地原状
   根据《土地管理法》第七十五条、第七十七条，占用耕地建房属于改变土地用途的违法行为。若农家院未依法办理农用地转用审批手续，或未取得乡村建设规划许可证，行政机关可作出《责令限期拆除决定书》。若当事人未在法定期限内自行拆除，行政机关可申请法院强制执行，法院将依法裁定准予执行，并由行政机关组织实施拆除、恢复土地耕种条件。

2. 若存在历史遗留问题或符合补办手续条件，法院可能暂缓执行
   若农家院建于《土地管理法》修订前（如2019年之前），且符合“一户一宅”原则或当地乡村规划，可能被认定为“历史遗留问题”。此时法院可能暂缓执行，要求当事人限期补办农用地转用审批、乡村建设规划许可等手续。若补办成功，农家院可合法保留；若未补办，仍需拆除。

3. 若涉及征收补偿，法院可能协调补偿后执行
   若耕地因公共利益被征收（如修建公路、水库），且农家院在征收范围内，法院可能先协调征收部门与当事人就补偿标准（如房屋价值、搬迁费用、停产停业损失）达成一致。补偿到位后，再执行拆除；若当事人拒绝补偿，法院可能直接裁定强制执行，但需确保补偿款已提存至法院账户。

执行程序的关键点：

• 行政机关需先作出《行政处罚决定书》或《责令限期拆除决定书》，并依法送达当事人；
  
• 当事人可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；若未行使救济权利，行政机关可申请法院强制执行；
  
• 法院执行时需制作《执行裁定书》，并由行政机关组织实施，不得由法院直接拆除。

建议：
若您面临此类问题，需立即核查农家院的审批手续（如农用地转用批文、乡村建设规划许可证），并评估是否符合当地乡村规划或“一户一宅”政策。若手续不全，建议尽快与行政机关沟通补办或协商补偿，避免强制执行带来的损失。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我会结合证据材料为您分析执行风险及应对方案。